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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001923

染色体: Chr01 坐标: 34378150-34381522 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001923
名称SmilChr01G001923
描述uncharacterized SmilChr01G001923
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34378150 - 34381522 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021837
GeneID131021837
locus_tag-
NCBI NameLOC131021837
原始查询SmilChr01G001923

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述golgin family A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820332]; symbol=AT3G11590; hit=AT3G11590; species=arabidopsis; confidence=high
产物golgin family A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820332]; symbol=AT3G11590; hit=AT3G11590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G11590 (AT3G11590)
golgin family A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820332]
identity=45.2; qcov=0.877; evalue=1.68e-112; confidence=high
RiceOs04g0382800
-
identity=36.8; qcov=0.668; evalue=1.08e-60; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807129.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057807129.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057807129.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057807129.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057807129.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34379081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:34379121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B50,C21
Chr1:34379412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:34381007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951146.1
CTCTCTCTCTTTCACAAACTTTTCCTTTTCCATGAAAAAGGCTACCAGATTCACTCCTTGAAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCACCGCTTTTCCCAACTGCACTTGAAGATGAAGCTTTGACAGTTGCCTCATTCGCAACTACACTGTCACATGTATCTTCTACACTTTTCCTTTCCCTCTCTGGAATTTTGAAAATCAGAGCCCAACTTTTCGCAAAGGGGGCTCAAATTTGCATGCCAAACCCATCTCAACATCATTCCC...
XM_057951156.1
CTCTCTCTCTTTCACAAACTTTTCCTTTTCCATGAAAAAGGCTACCAGATTCACTCCTTGAAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCACCGCTTTTCCCAACTGCACTTGAAGATGAAGCTTTGACAGTTGCCTCATTCGCAACTACACTGTCACATGTATCTTCTACACTTTTCCTTTCCCTCTCTGGAATTTTGAAAATCAGAGCCCAACTTTTCGCAAAGGGGGCTCAAATTTGCATGCCAAACCCATCTCAACATCATTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021837
ATGCCAAGGCAGAATTTGATCAATGTTGATGTCAAAATTGGAGGGAGGAAATGCAAAGTGAGGAAGAGGGGTTGTTCATCGTCGTCTTCCTCATCGTTGGTGCAGAATAACCGGTTGAAGCGCGCTTTTTTGGTGGGGAAACGAGTGGGATCGAGCACCCCTGTTCCGAGGTGGAAGATGATGAGCTCCAGATCACCATCAGTGGAGAGTGACAAGGCGGCAACTCTCAAGTATTTGGCGACAAGGGGTGGCGAGAAGGC...
LOC131021837
ATGCCAAGGCAGAATTTGATCAATGTTGATGTCAAAATTGGAGGGAGGAAATGCAAAGTGAGGAAGAGGGGTTGTTCATCGTCGTCTTCCTCATCGTTGGTGCAGAATAACCGGTTGAAGCGCGCTTTTTTGGTGGGGAAACGAGTGGGATCGAGCACCCCTGTTCCGAGGTGGAAGATGATGAGCTCCAGATCACCATCAGTGGAGAGTGACAAGGCGGCAACTCTCAAGTATTTGGCGACAAGGGGTGGCGAGAAGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807129.1
MPRQNLINVDVKIGGRKCKVRKRGCSSSSSSSLVQNNRLKRAFLVGKRVGSSTPVPRWKMMSSRSPSVESDKAATLKYLATRGGEKARELSISARKLAATLWEIDGMPSPRVRRDNFDDRRSAVGGVVRLEEAKSGSTALVLSDLFRSSVAEGMEPLPPKMTSHRRRASASSQKLLQVDSGLGGTKSPHNCLVEVDQVQNHARSPCRQVVGTKNRLQDVYNGLITSKELLKVMSRVSHLEEQNSTRLSLFSALKFELDRA...
XP_057807139.1
MPRQNLINVDVKIGGRKCKVRKRGCSSSSSSSLVQNNRLKRAFLVGKRVGSSTPVPRWKMMSSRSPSVESDKAATLKYLATRGGEKARELSISARKLAATLWEIDGMPSPRVRRDNFDDRRSAVGGVVRLEEAKSGSTALVLSDLFRSSVAEGMEPLPPKMTSHRRRASASSQKLLQVDSGLGGTKSPHNCLVEVDQVQNHARSPCRQVVGTKNRLQDVYNGLITSKELLKVMSRVSHLEEQNSTRLSLFSALKFELDRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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