当前解析结果
SmilChr01G001926| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001926 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001926 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 40-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 34400563 - 34402953 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021855 |
|---|---|
| GeneID | 131021855 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021855 |
| 原始查询 | SmilChr01G001926 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 40-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 40-like |
| Arabidopsis | AT2G27300 (NTL8)NTM1-like 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817273] identity=53.6; qcov=0.751; evalue=2.02e-85; confidence=high |
| Rice | Os01g0261200 (OsNAC8)- identity=57.2; qcov=0.456; evalue=1.16e-56; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021855 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057807162.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807162.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807162.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057807162.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057807162.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:34400884 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr1:34402544 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C62 |
Chr1:34402638 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807162.1PF02365
NAM 28-151 aa
XP_057807168.1PF02365
NAM 28-151 aa
XP_057807174.1PF02365
NAM 13-136 aa
XP_057807179.1PF02365
NAM 13-136 aa
XP_057807187.1PF02365
NAM 13-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807162.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 28 | 151 | 5.4e-47 | 160.0 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057807168.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 28 | 151 | 5.2e-47 | 160.1 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057807174.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 13 | 136 | 4.9e-47 | 160.1 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057807179.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 13 | 136 | 4.9e-47 | 160.1 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057807187.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 13 | 136 | 4.7e-47 | 160.2 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
5 records
下载 cDNA FASTA5 records
下载 CDS FASTA5 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。