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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001945`

染色体: Chr01 坐标: 34653462-34657781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001945`
名称	SmilChr01G001945
描述	5'-3' exoribonuclease 3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	34653462 - 34657781 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006988`
GeneID	`131006988`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006988`
原始查询	`SmilChr01G001945`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	5'-3' exoribonuclease 3-like
产物	5'-3' exoribonuclease 3-like
Arabidopsis	`AT1G75660` (XRN3) 5'-3' exoribonuclease 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843900] identity=46.3; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0872700` (OsXrn3) - identity=45.8; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000956 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process); GO:0003723 (RNA binding); GO:0004534 (5'-3' RNA exonuclease activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF03159 (XRN_N); PF17846 (XRN_M)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006988

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790122.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057790122.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790122.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790122.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:34653538`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A1,A8,B123,B19,B56,B74,C26,C28,C35,C55
`Chr1:34653540`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	A1,A8,B123,B19,B56,B74,C26,C28,C35,C55
`Chr1:34653553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B140,C39
`Chr1:34653562`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	A18
`Chr1:34653562`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	A18
`Chr1:34653574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:34653618`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A7,B113,B41,B44,B97,C12,D4
`Chr1:34653674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:34653677`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B112,B63,C43,C78,C9
`Chr1:34653691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B47,D10,D7
`Chr1:34653998`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	B117,B124,B4,B48,B53,B71,B98,C48,C53,C62,C78,D2,D5
`Chr1:34654220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	173	A1,A11,A13,A14,A18,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A9,B1,B100,B104,B106,B107,B108,B11,B110,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B124,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B133,B134,B136,B139,B140,B15,B16,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B83,B87,B88,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B97,B98,C10,C11,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C22,C23,C24,C26,C28,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C41,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D11,D2,D5,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790122.1

767 aa

384

767

XRN_N

XRN_M

PF03159 XRN_N 3-174 aa PF17846 XRN_M 228-672 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790122.1`	Pfam	`PF03159`	XRN_N	Family	3	174	1.2e-73	248.3	XRN 5'-3' exonuclease N-terminus
`XP_057790122.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	228	672	1.9e-131	439.8	Xrn1 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934139.1
ACTTGAAGAATGGGTGTGCCGTTGTTTAACCGGTGGCTAGTCAGCAAATATCCCAAAATAGTAGCTGACGCCGGTGGCGGCGGAGGTGAAGGGATCGCGCCTGAGTTCGATAATCTATACGTCGACATGAATGGACTTATCCATCCTTGCTTCCATCCCGAAGATCATGTCATCGATCTCTAAACTTCATCTTCATTTCCTTTTCTTGATGATTATTTTAATATTTATTTTTATTTGGTGTTCAGCCTTTTCCTCCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006988
ATGCAGGATTCCATCGATCGTCTCTTCGACATCGTCAAACCGCGCAAACTGTTATTCATGGCCATCGATGGCGTAGCTCCAAGAGCCAAAATGAATCAACAAAGATCTAGAAGATTCCGCTCTACTAAGGATGCTGAACTTGCTGAGGAGCTTGAAGATCGTCTGAGAAAGCAGTTTGAAAACGAAGGCAGAGCTGTTTTGCCTAAGGAAGAATCGGAGCTTTCTGATTCGAATGTGATTACTCCCGGCACTCAATTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790122.1
MQDSIDRLFDIVKPRKLLFMAIDGVAPRAKMNQQRSRRFRSTKDAELAEELEDRLRKQFENEGRAVLPKEESELSDSNVITPGTQFMHMLSKNLRSYINQRLNENAAWRNIKVILSDDKAPGEGEHKIMSFIRAQCASSQYDPNTKHCLYGLDADLIMLALATHEVHFSILREDVRPRRQQSRCEPIVELEDKFHVNEQQAYQFVNISVLREYFAIDMEIPSFDKFESDLERIIDDFIFICFFAGNDFLPPIPSLQVREG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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