Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001946`

染色体: Chr01 坐标: 34683206-34685403 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001946`
名称	SmilChr01G001946
描述	aluminum-activated malate transporter 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	34683206 - 34685403 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022087`
GeneID	`131022087`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022087`
原始查询	`SmilChr01G001946`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aluminum-activated malate transporter 2-like
产物	aluminum-activated malate transporter 2-like
Arabidopsis	`AT1G08440` (AT1G08440) aluminum activated malate transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837364] identity=52.6; qcov=0.858; evalue=3.59e-153; confidence=high
Rice	`Os04g0417000` (OsALMT1) - identity=45.8; qcov=0.893; evalue=2.24e-118; confidence=high
GO	GO:0009705 (plant-type vacuole membrane); GO:0015743 (malate transport)
KEGG	-
Pfam	PF04632 (FUSC); PF11744 (ALMT); PF13515 (FUSC_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022087

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057807465.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807465.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807465.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807465.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807465.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:34683890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,D6
`Chr1:34684366`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A15
`Chr1:34684366`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A15
`Chr1:34684369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr1:34684686`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:34684839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B96
`Chr1:34684860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B56,B96
`Chr1:34684893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr1:34685117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:34685139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B129,B130,B72,C41
`Chr1:34685190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B35,B76
`Chr1:34685202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807465.1

450 aa

225

450

ALMT

FUSC_2

FUSC

PF11744 ALMT 39-373 aa PF13515 FUSC_2 76-202 aa PF04632 FUSC 78-232 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807465.1`	Pfam	`PF11744`	ALMT	Family	39	373	8.2e-138	460.9	Aluminium activated malate transporter
`XP_057807465.1`	Pfam	`PF13515`	FUSC_2	Family	76	202	9.9e-12	45.8	Fusaric acid resistance protein-like
`XP_057807465.1`	Pfam	`PF04632`	FUSC	Family	78	232	1.4e-13	51.1	Fusaric acid resistance protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951482.1
GTAAATACAAACAACTATCTCCTGACACACAATATGAACATGAACTGAGCTATTACTGTAAATTTATCAATCCTCGCTGTACGGTACTCACACACACCCACCCGGGTATCTGTGTGTGAAACTTCCCTGCACCATCACCTGTATTACCCACCAAGCAATTTGATTATTTTCTTTTTAAAAAAAAATCAAATTTTGAGACGAAATTTTATTCAAAAATCTCTATAATCAACTCCAAATACAGAACAAAAAAATATTGTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022087
ATGGAGTCGGAAAATCAAGAAAAAACTTGTGCGACGCAGAGAGTGAGGGGCTGGTTTAAGGCCTGTTTGGACAAGATCGTGAACGCGATAACCGGCGTCGGCAAAGAAGCCAAGAGATTAGCCAAGGAAGATCCCAGAAGAGTCGTTCACGCATTCAAAGTCGGATTAGCCATAGCCGCGATCTCTCTGCTCTACTACTTCGACTTCTTCTTCGACGGATTCGGCGTCAACGCAATGTGGGCCGTCATGACCGTCGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807465.1
MESENQEKTCATQRVRGWFKACLDKIVNAITGVGKEAKRLAKEDPRRVVHAFKVGLAIAAISLLYYFDFFFDGFGVNAMWAVMTVVVVFEFSVGATLGKGVNRAIATLLGGALGVGTHDLANLTPEKVEVVLIGLSVCVIAATATFCRFFPKIRARYDYGFLVFILTFSLISVSGYRDDVVFDMAYRRLTTILIGGCVAVLVCIFVRPVWAGQDLHRHTAANIEKLASYLEAFGRAYFQESNDKKLASLKDFKSVLISKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器