Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001951

染色体: Chr01 坐标: 34727348-34728983 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001951
名称SmilChr01G001951
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05750, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34727348 - 34728983 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022116
GeneID131022116
locus_tag-
NCBI NameLOC131022116
原始查询SmilChr01G001951

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05750, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05750%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G05750 (PDE247)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837083]
identity=57.5; qcov=0.9; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0769900 (OJ1079_F11.25-1)
-
identity=49.8; qcov=0.886; evalue=2.9e-151; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057807506.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807506.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807506.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807506.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807506.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34727510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:34727564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B35,B76
Chr1:34727636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:34728073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr1:34728139 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C56
Chr1:34728139 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C56
Chr1:34728169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B81,C20,C75
Chr1:34728221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C71
Chr1:34728222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:34728237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B70,C1
Chr1:34728375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B81,C20,C75
Chr1:34728471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807506.1
508 aa
N
1
254
508
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 45-93 aa PF01535 PPR 48-75 aa PF01535 PPR 123-148 aa PF12854 PPR_1 146-176 aa PF13041 PPR_2 149-179 aa PF01535 PPR 151-179 aa PF13041 PPR_2 180-227 aa PF01535 PPR 182-211 aa PF01535 PPR 255-280 aa PF13041 PPR_2 281-328 aa PF01535 PPR 283-313 aa PF17177 PPR_long 298-404 aa PF13812 PPR_3 306-363 aa PF01535 PPR 318-345 aa PF01535 PPR 355-380 aa PF20431 E_motif 400-460 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807506.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 45 93 1.2e-61 205.4 PPR repeat family
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 48 75 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 123 148 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 146 176 5.3e-38 129.2 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 149 179 1.2e-61 205.4 PPR repeat family
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 151 179 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 180 227 1.2e-61 205.4 PPR repeat family
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 182 211 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 280 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 281 328 1.2e-61 205.4 PPR repeat family
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 283 313 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 298 404 5.4e-09 36.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057807506.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 306 363 1.8e-16 60.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 318 345 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 380 3.7e-58 190.5 PPR repeat
XP_057807506.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 400 460 4.6e-16 59.5 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951523.1
ATTCGAAATGACTATATAAAGGAATCCCTGTTTTCTCAACGACTCTCAACTGTAATTCGAAACAATGAACATTCGCGCCTTCAACCAGCCGCCTCTCGGCCAATCGCTGCCGGTCGCCGACTCTCCAGACCGCCGGCACCACCGCATCTCCAATAGAACCTCCCAAAACATCAATCCAAACACTTCTCTCGAAGCCGACACTGCCTCATGGACTTCCTCCATAGCTCACCACTGTAAAAACGGCCGTTTATCGAAAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022116
ATGAACATTCGCGCCTTCAACCAGCCGCCTCTCGGCCAATCGCTGCCGGTCGCCGACTCTCCAGACCGCCGGCACCACCGCATCTCCAATAGAACCTCCCAAAACATCAATCCAAACACTTCTCTCGAAGCCGACACTGCCTCATGGACTTCCTCCATAGCTCACCACTGTAAAAACGGCCGTTTATCGAAAGCGATCTCGCAATTCAACCGCATGCGCACATCCGAAGTCGAGCCTAATCACATCACTTTCATCACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807506.1
MNIRAFNQPPLGQSLPVADSPDRRHHRISNRTSQNINPNTSLEADTASWTSSIAHHCKNGRLSKAISQFNRMRTSEVEPNHITFITLFSGCAHFPSQGSLLGPPIHGYARKMGLDIGDVKVGTALIDMYSKFGEIRSARLSFDHMIVRNKVSWNTMINGYMRNGQFWDAGKLFDEMPERDAVSWTVLIDGFVKKGKFEEALGWFQEMQLAGTDPDFVTIVSVLSAVANIGTLGLGLWLHRFISDQQFKDNIRVNNSLIDM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器