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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001954

染色体: Chr01 坐标: 34772257-34776753 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001954
名称SmilChr01G001954
描述serine/threonine-protein kinase Nek5-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34772257 - 34776753 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022148
GeneID131022148
locus_tag-
NCBI NameLOC131022148
原始查询SmilChr01G001954

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase Nek5-like
产物serine/threonine-protein kinase Nek5-like
ArabidopsisAT3G44200 (NEK6)
serine/threonine-protein kinase NEK5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823542]
identity=55.4; qcov=0.588; evalue=2.18e-128; confidence=medium
RiceOs05g0440800 (OsNek4)
-
identity=54.3; qcov=0.577; evalue=3.71e-120; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007017 (microtubule-based process); GO:0055028 (cortical microtubule)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022148

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807549.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807549.1
3 Midbody Midbody 0.60000 XP_057807558.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057807549.1
5 Spindle Spindle 0.40000 XP_057807558.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34773536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:34774448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B35,B76
Chr1:34775396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:34776032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:34776314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:34776574 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B66
Chr1:34776574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:34776580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B130,B72,C41
Chr1:34776590 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B109
Chr1:34776590 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B109
Chr1:34776613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B130,B72,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807549.1
715 aa
N
1
358
715
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 8-271 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 9-267 aa
XP_057807558.1
705 aa
N
1
352
705
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 8-261 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 9-257 aa
XP_057807565.1
705 aa
N
1
352
705
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 8-261 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 9-257 aa
XP_057807573.1
660 aa
N
1
330
660
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 2-212 aa PF00069 Pkinase 2-216 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807549.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 8 271 1.4e-53 182.7 Protein kinase domain
XP_057807549.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 9 267 2.2e-30 106.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057807558.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 8 261 9.8e-63 212.7 Protein kinase domain
XP_057807558.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 9 257 8.4e-39 134.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057807565.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 8 261 9.8e-63 212.7 Protein kinase domain
XP_057807565.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 9 257 8.4e-39 134.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057807573.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 2 212 2.5e-24 86.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057807573.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 2 216 1.2e-41 143.6 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951582.1
AGGCCCACTTTTCCCAGCTTAGTTTAATTCAACCCATAAAAAAATACCTGTATTTCTTAGTGCAAAATTTAACTAAGTACATTTTATGAAAAAAGATTTAACTACATTTTCAATCATTTCAATGCTTACTTCATTTCCGAAAATTTAGTGCTCATGCTTTTCTTCTTGGTCTGTTAATTCTGCTCTTTATGCCATTCAACAAAATCTTTGAAACTAATCTACACAAGAAGAAGAAGCAGCAGAAAATCCAAAGATTAGGT...
XM_057951566.1
CCCATAAAAAAATACCTGTATTTCTTAGTGCAAAATTTAACTAAGTACATTTTATGAAAAAAGATTTAACTACATTTTCAATCATTTCAATGCTTACTTCATTTCCGAAAATTTAGTGCTCATGCTTTTCTTCTTGGTCTGTTAATTCTGCTCTTTATGCCATTCAACAAAATCTTTGAAACTAATCTACACAAGAAGAAGAAGCAGCAGAAAATCCAAAGATTAGGTTAATTAATTTCACATTCTCATTTATTGTGCTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022148
ATGGAGTCAAAGATGGACCATTATGAGATCATGGAGCAGATTGGGCGTGGAGCTTTTGGTGCAGCCATTTTGGTTAATCACAAGTTGGAAAGAAAAAAGTATGTGCTGAAGAAGATTCGATTGGCTAGACAAACAGAACGTTGCAGGAGATCAGCTCATCAGGAGATGGCCCTAATTGCTCAGCTACAGCATCCGTTCATCGTCGAGTTCAAGGAAGCTTGGGTGGAGAAGGGTTGCTTTGTTTGCATAGTTACTGGCTA...
LOC131022148
ATGGAGTCAAAGATGGACCATTATGAGATCATGGAGCAGATTGGGCGTGGAGCTTTTGGTGCAGCCATTTTGGTTAATCACAAGTTGGAAAGAAAAAAGTATGTGCTGAAGAAGATTCGATTGGCTAGACAAACAGAACGTTGCAGGAGATCAGCTCATCAGGAGATGGCCCTAATTGCTCAGCTACAGCATCCGTTCATCGTCGAGTTCAAGGAAGCTTGGGTGGAGAAGGGTTGCTTTGTTTGCATAGTTACTGGCTA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807549.1
MESKMDHYEIMEQIGRGAFGAAILVNHKLERKKYVLKKIRLARQTERCRRSAHQEMALIAQLQHPFIVEFKEAWVEKGCFVCIVTGYCEGGDMAELMKKANGHYFPEEKLLKWFTQLLLAVEYLHSGFVLHRDLKCSNIFLTKDQDIRLDFYIRLCESFVVKAFEVGTIRLCFFAQVVGTPNYMCPELLADIPYGLKSDIWSLGCCMYEMAAHRRAFKASDMAGLISKINRSAIGPLPPCYSPSLKSLIKSMLRKNPEHR...
XP_057807558.1
MESKMDHYEIMEQIGRGAFGAAILVNHKLERKKYVLKKIRLARQTERCRRSAHQEMALIAQLQHPFIVEFKEAWVEKGCFVCIVTGYCEGGDMAELMKKANGHYFPEEKLLKWFTQLLLAVEYLHSGFVLHRDLKCSNIFLTKDQDIRLGDFGLAKTLKADDLASSVVGTPNYMCPELLADIPYGLKSDIWSLGCCMYEMAAHRRAFKASDMAGLISKINRSAIGPLPPCYSPSLKSLIKSMLRKNPEHRSSASELLMKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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