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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001956

染色体: Chr01 坐标: 34837638-34839687 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001956
名称SmilChr01G001956
描述aluminum-activated malate transporter 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34837638 - 34839687 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022192
GeneID131022192
locus_tag-
NCBI NameLOC131022192
原始查询SmilChr01G001956

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aluminum-activated malate transporter 2-like
产物aluminum-activated malate transporter 2-like
ArabidopsisAT1G08440 (AT1G08440)
aluminum activated malate transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837364]
identity=47.7; qcov=0.844; evalue=4.67e-134; confidence=high
RiceOs04g0417000 (OsALMT1)
-
identity=46.1; qcov=0.846; evalue=8.29e-114; confidence=high
GOGO:0009705 (plant-type vacuole membrane); GO:0015743 (malate transport)
KEGG-
PfamPF11744 (ALMT); PF13515 (FUSC_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807613.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807613.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807613.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807613.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807613.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34837868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B108,B42,B8
Chr1:34838042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:34838128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B92,C50,C64,C70,D6
Chr1:34838923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:34839116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807613.1
469 aa
N
1
234
469
ALMT
FUSC_2
C
PF11744 ALMT 40-376 aa PF13515 FUSC_2 66-202 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807613.1 Pfam PF11744 ALMT Family 40 376 6.4e-133 444.8 Aluminium activated malate transporter
XP_057807613.1 Pfam PF13515 FUSC_2 Family 66 202 3.9e-09 37.4 Fusaric acid resistance protein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951630.1
GAGAAACCTGTTATAGACTTATCCATAAGTCGAGAATGATGGGGCCAGAAGAACCAGAGAAACCGAGCATCCCCATAAGGGGATGGTTGTGGTTTAGAGATATTCCATCTAAGCTCCTAGCTAAACTACATGAAGTAGCTAGGCAAGCAATAAAGGTAGCAAAGGACGATCCGAGAAGATTGATCCATTCCCTCAAGGTCGGACTTACAGTAACGTTAGTATCATTGTTGTACTACCTCCGGCCTCTGTACAACAACTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022192
ATGATGGGGCCAGAAGAACCAGAGAAACCGAGCATCCCCATAAGGGGATGGTTGTGGTTTAGAGATATTCCATCTAAGCTCCTAGCTAAACTACATGAAGTAGCTAGGCAAGCAATAAAGGTAGCAAAGGACGATCCGAGAAGATTGATCCATTCCCTCAAGGTCGGACTTACAGTAACGTTAGTATCATTGTTGTACTACCTCCGGCCTCTGTACAACAACTTTGGTGCCTCTGCAATGTGGGCTGTCATGACTGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807613.1
MMGPEEPEKPSIPIRGWLWFRDIPSKLLAKLHEVARQAIKVAKDDPRRLIHSLKVGLTVTLVSLLYYLRPLYNNFGASAMWAVMTVVVVFEFSVGGTIGKCLNRGLATLAAAALAIGAHHLAILIGKKCEPYLIGVFVFIQAVAMTFVRFFPKVKAKYDYGMLIFVMTFSLVSISGLRMNEVLELAQARLVTILIGASTCLAVCILICPVWAGEDLHRYVAQNISQLGNFLEGHTDQCFKTSCDAWIEITKPSVVNLNSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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