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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001985

染色体: Chr01 坐标: 35281797-35284169 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001985
名称SmilChr01G001985
描述probable receptor-like protein kinase At1g49730
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35281797 - 35284169 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022500
GeneID131022500
locus_tag-
NCBI NameLOC131022500
原始查询SmilChr01G001985

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like protein kinase At1g49730
产物probable receptor-like protein kinase At1g49730
ArabidopsisAT5G22050 (AT5G22050)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832266]
identity=51.7; qcov=0.993; evalue=1.09e-96; confidence=high
RiceOs07g0159700 (OsRLCK223)
-
identity=46.2; qcov=0.917; evalue=2.54e-81; confidence=high
GOGO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808002.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808002.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808002.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808002.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808002.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35282745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:35282785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B85
Chr1:35282939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C33
Chr1:35282992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B139,B17,B22,D1
Chr1:35283346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:35283868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808002.1
300 aa
N
1
150
300
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 77-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808002.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 77 196 3.1e-13 50.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952019.1
ATTTTGAAACACTAGCTCTTGCAAAATTAAAATCCCACAAAATAAATTGCCTATGACATGCTCGATTTAACTGGAACCCCCAAAATCCTATATCTTCCATATTTTTTTCTCACTTTATTTGCAGAAATAATGTTGAATGGACACACAACATTAACAAATGTGAGATTGCCACTTTTACCCCCACACTTGCAGCCTTTTTTTTTAACCGAACAAACGGAAAAGGTGACTGCTTACGACAAAGTGGAAACTTCCATCTCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022500
ATGGGCACCGAGAATATGTTTCTCAAGATCAGGCTGCTGCTTCTTGCTCTGTTTCACCTCCGATCCCAACCCAGTCCGCCTGTTCTGCTGAAACGCTACTCATATAAAGATATAAAGAAGGCGACGGATGGATTTAGGAGAGTATTCGAAAACTCATCTCAGGAGGCCTCTTACAAGGCCAAGTTTCAGAATGGGCGTGTTGGGGTGGTGAGAGAGGTGAAGCTATTGGATGAAGACGATGATTCCTTCTCAAAGGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808002.1
MGTENMFLKIRLLLLALFHLRSQPSPPVLLKRYSYKDIKKATDGFRRVFENSSQEASYKAKFQNGRVGVVREVKLLDEDDDSFSKEVRLLGRLHHRHIVALYGFSTGPRRFLVFENMERGSLKEHLSDPLKTPLNWRTRLKIAVGIAAAVEYLQFFCDPPVYRVSISSSTIMLDENFTPKISGISLSGASEHNATASSRCPKECREEGVIFQLGLLILELITGQSSDKGGVDLAEWVQEPRFLRSIHKMIDPDLGNTYDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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