当前解析结果
SmilChr01G001985| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001985 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001985 |
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At1g49730 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 35281797 - 35284169 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022500 |
|---|---|
| GeneID | 131022500 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022500 |
| 原始查询 | SmilChr01G001985 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At1g49730 |
| 产物 | probable receptor-like protein kinase At1g49730 |
| Arabidopsis | AT5G22050 (AT5G22050)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832266] identity=51.7; qcov=0.993; evalue=1.09e-96; confidence=high |
| Rice | Os07g0159700 (OsRLCK223)- identity=46.2; qcov=0.917; evalue=2.54e-81; confidence=high |
| GO | GO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022500 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057808002.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808002.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808002.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808002.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808002.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:35282745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:35282785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B85 |
Chr1:35282939 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,C33 |
Chr1:35282992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B139,B17,B22,D1 |
Chr1:35283346 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr1:35283868 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808002.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 77-196 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808002.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 77 | 196 | 3.1e-13 | 50.3 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。