Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001992

染色体: Chr01 坐标: 35321960-35323345 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001992
名称SmilChr01G001992
描述uncharacterized SmilChr01G001992
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35321960 - 35323345 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022532
GeneID131022532
locus_tag-
NCBI NameLOC131022532
原始查询SmilChr01G001992

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808029.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808029.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808029.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808029.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808029.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35322080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,D8
Chr1:35322103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B23,B55,C21
Chr1:35322204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:35322247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B131,C63,C87,D5
Chr1:35322252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B37
Chr1:35322272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,C80
Chr1:35322273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C56,C65
Chr1:35322275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr1:35322291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B122,B135,B75,B99
Chr1:35322332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C58
Chr1:35322406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B47,C56,C65
Chr1:35322563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B37,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952046.1
TTTTTGTACTGAACTTTAACTTTATGTTGGTAAGTTATTTTTGTATCAAGGTAAGTTCATGTTTGTAATTATAACTTAAAGGAGTATTTAATATCTAATCTTCTGTTTAATATTTAATATGGTAGGTGTTGTTAGAGTGCAGAATGGATATAGAGTTACAAAAATTTTGTTGAATGCTGATATACCCGAAGTTCATGAATTCAAGGAGAGGTATCTATCATTCACCTAATTGGTAGCTCACCATTCTTAATTGATTGATG...
XM_057952052.1
TTTTTGTACTGAACTTTAACTTTATGTTGGTAAGTTATTTTTGTATCAAGGTAAGTTCATGTTTGTAATTATAACTTAAAGGAGTATTTAATATCTAATCTTCTGTTTAATATTTAATATGGTAGGTGTTGTTAGAGTGCAGAATGGATATAGAGTTACAAAAATTTTGTTGAATGCTGATATACCCGAAGTTCATGAATTCAAGGAGAGGTATCTATCATTCACCTAATTGGTAGCTCACCATTCTTAATTGATTGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022532
ATGAAGTATAAGATTATAATAAATGTTGCGGATGAGTCTAGCAGTTCACCATTTGTGTTATGGGATAGGGAGTGTAAAAATGTGATAGGAAAACCAGCTGCTGAAGTTAAAGTTCAGACGACGACAGAGGAGTCTGAGGTTCCAAATGAGATTCGAGACGCTTTACTACAAAAGAAATACATGTTCAAGATTAAGGTCCCTCTTGGTGAAGGGTGGAGATATAATAAAGCCTATAGTGTCTCAACTCTAGCAACAGACCC...
LOC131022532
ATGAAGTATAAGATTATAATAAATGTTGCGGATGAGTCTAGCAGTTCACCATTTGTGTTATGGGATAGGGAGTGTAAAAATGTGATAGGAAAACCAGCTGCTGAAGTTAAAGTTCAGACGACGACAGAGGAGTCTGAGGTTCCAAATGAGATTCGAGACGCTTTACTACAAAAGAAATACATGTTCAAGATTAAGGTCCCTCTTGGTGAAGGGTGGAGATATAATAAAGCCTATAGTGTCTCAACTCTAGCAACAGACCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808029.1
MKYKIIINVADESSSSPFVLWDRECKNVIGKPAAEVKVQTTTEESEVPNEIRDALLQKKYMFKIKVPLGEGWRYNKAYSVSTLATDPNVVATYSAKCSDSHQSNSVSMLESSNEVMDTIGEQTPVAAQSRLGDESEWIDDGVTKRSLMDEFSSTKPAKKAKIEIKQEKD
XP_057808035.1
MKYKIIINVADESSSSPFVLWDRECKNVIGKPAAEVKVQTTTEESEVPNEIRDALLQKKYMFKIKVPLGEGWRYNKAYSVSTLATDPNVVATYSAKCSDSHQSNSVSMLESSNEVMDTIGEQTPVAAQSRLGDESEWIDDGVTKRSLMDEFSSTKPAKKAKIEIKQEKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器