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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001996

染色体: Chr01 坐标: 35428585-35432335 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001996
名称SmilChr01G001996
描述uncharacterized SmilChr01G001996
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35428585 - 35432335 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022562
GeneID131022562
locus_tag-
NCBI NameLOC131022562
原始查询SmilChr01G001996

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832265]; symbol=AT5G22040; hit=AT5G22040; species=arabidopsis; confidence=high
产物ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832265]; symbol=AT5G22040; hit=AT5G22040; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G22040 (AT5G22040)
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832265]
identity=45.6; qcov=0.919; evalue=1.17e-58; confidence=high
RiceOs03g0274700
-
identity=39.6; qcov=0.901; evalue=3.13e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022562

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808057.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057808057.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.40000 XP_057808057.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808057.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808057.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35428873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:35431010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:35431021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,C30,D5
Chr1:35431860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B48,C30,D5
Chr1:35431975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:35432094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952074.1
AATTGGGCTCATAAATAGTGCAGTCCATAACACTCGAGCCGAATCGGCCAACATTTTTTTTTCTATAAATAAAATCAAATTTATCAATTTTATATTTTTCCCTTGCCAAATCAATATCTCGGTTTCAAACGTCTGAAGCAAATTGCTTCCATGCTATACAAGGGAAAGCCCCAAATTAAGACTGATTAAAGAAAAAGGCTGCGAATCGAGCTCGAATTAGACAATATTTGTAATAATTAGGGTATAATTACTCAAATTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022562
ATGCGACGGCAGGGCGGGCACTACGGCGGCGATTCCGGCGGCGGTGGCGGGGCTCAATCGAATCAGAACAGCAAGTCTGGGTATTACCAGGGGCGCCACCAGGAGCAGCATCAGCAGCCCGGAGACAAGGATGGAGCTCAGCATAGCAATCAATGGCGGTGGGAAAGAGACGGCGGCCCCGAAGCTAAATTGCCGCAAACTGCTATGTCTCCCACTGCGCCTTTCTCCGAAGGCCAAGGGCGTGATGCACCCAGATCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808057.1
MRRQGGHYGGDSGGGGGAQSNQNSKSGYYQGRHQEQHQQPGDKDGAQHSNQWRWERDGGPEAKLPQTAMSPTAPFSEGQGRDAPRSYYQNQRMDPRMPTERQGGGDPRSQSHEEDMDIGYEDTRVTPTLEGLEQRFVDDIMKLSKEQTDAEDAENARHRERIIAINAKYEEQLFALRAKHVSRRDEFLRRESQARHQQYQQIFMEQYPTSGAGPSSDPRSVNAGSGGEPHRSYNSDSYDSYRERGRYPRDHGYEPKAPYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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