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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002002

染色体: Chr01 坐标: 35528172-35530481 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002002
名称SmilChr01G002002
描述succinate dehydrogenase subunit 6, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35528172 - 35530481 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022692
GeneID131022692
locus_tag-
NCBI NameLOC131022692
原始查询SmilChr01G002002

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述succinate dehydrogenase subunit 6, mitochondrial
产物succinate dehydrogenase subunit 6%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G08480 (SDH6)
succinate dehydrogenase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837369]
identity=50.4; qcov=0.846; evalue=6.58e-38; confidence=medium
RiceOs08g0112800 (SDH6)
-
identity=46; qcov=0.912; evalue=8.64e-34; confidence=medium
GOGO:0005749 (GO:0005749)
KEGG-
PfamPF29034 (SDH6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022692

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808193.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057808193.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057808193.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808193.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808193.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35528424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:35528521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808193.1
136 aa
N
1
68
136
SDH6
C
PF29034 SDH6 17-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808193.1 Pfam PF29034 SDH6 Family 17 135 3.6e-52 177.0 Succinate dehydrogenase subunit 6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952210.1
GTTGGGTTGGATGAGTGTCATGACTGTGGCAAATAAGTGGAGTCGCATCATAAGCTCGGCGCAGGTAATGGCTACTCAGTACTCCCTCATCCACGCTGCCGTCAAAACCCATCCCAAAAATTAAAATTCAAAAAAAAAAAAAGAGCATTTATTGAACTCGTAGAGCTGAAAACCCCCAAAACCAAATCAATCGCGCTGCAGCCGAGAGGAAAATGAGCGAAATCGAGGAATCGGGAAGAAGCTTATGGCATTCTGTGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022692
ATGAGCGAAATCGAGGAATCGGGAAGAAGCTTATGGCATTCTGTGAAGAAGAGTTTTCATCTCGACGATTACTCCAAAATTCTCAATCCGAATAGACCTTTGCCCCATCGGAATAGCGCCGCCGTCCAGCAATTCATCGCATCTGATCCCGTCCACGGACCTGCGCTGAAGGCTGCAGAGGGAGCAGCTGACTTTGCGTATGTAGGTGCTGCTGTTGGAGCGATTACAACTGGTGGAAATGCTTGGAGGTGGTCAAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808193.1
MSEIEESGRSLWHSVKKSFHLDDYSKILNPNRPLPHRNSAAVQQFIASDPVHGPALKAAEGAADFAYVGAAVGAITTGGNAWRWSKSPHGTVLSLAFGAVVGFTLGAEAANHWYQLYRLDTVGAQVKFNEWLQKRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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