Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002006`

染色体: Chr01 坐标: 35604275-35612335 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002006`
名称	SmilChr01G002006
描述	serine/threonine-protein kinase TOUSLED
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	35604275 - 35612335 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022630`
GeneID	`131022630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022630`
原始查询	`SmilChr01G002006`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase TOUSLED
产物	serine/threonine-protein kinase TOUSLED
Arabidopsis	`AT5G20930` (TSL) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832217] identity=67.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0749800` - identity=68.1; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0007059 (chromosome segregation); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808123.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057808131.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057808123.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808123.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808123.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:35607109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B47,D7
`Chr1:35607442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr1:35608957`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B100,B47,D7
`Chr1:35610585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C45
`Chr1:35611769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B139,C3
`Chr1:35611825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	B115,B128,B15,B20,B24,B27,B3,B31,B32,B46,B55,B56,B73,B86,B96,C15,C16,C22,C28,C44,C51,C52,C57,C61,C72,C75,C76,C9
`Chr1:35611996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808123.1

694 aa

347

694

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 411-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 414-630 aa

XP_057808131.1

689 aa

344

689

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 411-684 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 414-680 aa

XP_057808137.1

689 aa

344

689

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 411-684 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 414-680 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808123.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	411	658	2.1e-52	178.9	Protein kinase domain
`XP_057808123.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	414	630	2.3e-28	99.9	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057808131.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	411	684	3e-60	204.5	Protein kinase domain
`XP_057808131.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	414	680	1e-32	114.2	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057808137.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	411	684	3e-60	204.5	Protein kinase domain
`XP_057808137.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	414	680	1e-32	114.2	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952154.1
CCAAAATTTGATGACCAAATATGTAAATATCATCAAATTAGAGCTTAACCGCAGTCACACCACCTCCACTTCCACCATTTCACAAAATTTAAAAATCTTCCGTTTCAATTCCCTTTCGCCCACCATTTTTTCCCTCTTTTTGGCTTCTGCGCATTAACTCAATCTCCCAGCTCAGCTCTGCAAAATTTCCGCAAAATCGGAAACCCTAAGCCTCTCCGTTTCATGGAATCTGTTTTTCTATATCCTCGCCGTCTTTCCGC...

XM_057952140.1
TTTGATGACCAAATATGTAAATATCATCAAATTAGAGCTTAACCGCAGTCACACCACCTCCACTTCCACCATTTCACAAAATTTAAAAATCTTCCGTTTCAATTCCCTTTCGCCCACCATTTTTTCCCTCTTTTTGGCTTCTGCGCATTAACTCAATCTCCCAGCTCAGCTCTGCAAAATTTCCGCAAAATCGGAAACCCTAAGCCTCTCCGTTTCATGGAATCTGTTTTTCTATATCCTCGCCGTCTTTCCGCCGGACT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131022630
ATGTCGGACGACATGATCTTGCATTTCTCTTCCAACTCTTCGAATCAATCGGATCAGTCCTCCAAGATCGCGAAACTCGAAGCGAGATTGGTGGGCAAGGCTTCCTCTGCAGTTTCCGCACAGCCCCAAGTCCAGGCGCAGCTGAATTCGTGGACTGTGCCTGCGAAGTTTGGAGGTGCCTCGGATGGTCTGGCGGACTCTTTAGTTGATAGCGATGATTCTGATGATGATGATAATGGAGGAGCCTATCTCATACAAGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057808123.1
MSDDMILHFSSNSSNQSDQSSKIAKLEARLVGKASSAVSAQPQVQAQLNSWTVPAKFGGASDGLADSLVDSDDSDDDDNGGAYLIQANTQKRRKVDEVCSPTSIEQVEEGNISGSTQQAPADARYKNAEPIDNNKLGGDVNKRKQSRGRATTSSGRGRGSRVSDQARNQSISPSNGQVENSLCKDGFFKEQLGHDGHTSREDEGTSLRAKVAAMEEELKKSREEVSDSRDKCERLEKELKDIKDYEQQMKPKRMKVISDL...

XP_057808131.1
MSDDMILHFSSNSSNQSDQSSKIAKLEARLVGKASSAVSAQPQVQAQLNSWTVPAKFGGASDGLADSLVDSDDSDDDDNGGAYLIQANTQKRRKVDEVCSPTSIEQVEEGNISGSTQQAPADARYKNAEPIDNNKLGGDVNKRKQSRGRATTSSGRGRGSRVSDQARNQSISPSNGQVENSLCKDGFFKEQLGHDGHTSREDEGTSLRAKVAAMEEELKKSREEVSDSRDKCERLEKELKDIKDYEQQMKPKRMKVISDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器