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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002010

染色体: Chr01 坐标: 35658198-35660321 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002010
名称SmilChr01G002010
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02420
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35658198 - 35660321 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022737
GeneID131022737
locus_tag-
NCBI NameLOC131022737
原始查询SmilChr01G002010

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02420
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02420
ArabidopsisAT1G02420 (AT1G02420)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837779]
identity=67.1; qcov=0.905; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0208600 (OSJNBa0014O06.14)
-
identity=55.2; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808240.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808240.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808240.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808240.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808240.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808240.1
504 aa
N
1
252
504
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 172-217 aa PF01535 PPR 222-238 aa PF13812 PPR_3 223-252 aa PF13041 PPR_2 224-254 aa PF23276 TPR_24 233-330 aa PF12854 PPR_1 236-269 aa PF13041 PPR_2 240-287 aa PF01535 PPR 243-273 aa PF13812 PPR_3 265-320 aa PF12854 PPR_1 272-304 aa PF01535 PPR 278-308 aa PF12854 PPR_1 307-339 aa PF13812 PPR_3 310-355 aa PF13041 PPR_2 310-357 aa PF01535 PPR 314-343 aa PF01535 PPR 349-378 aa PF01535 PPR 388-413 aa PF01535 PPR 422-447 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808240.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 172 217 8.6e-37 125.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 222 238 6.9e-40 133.2 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 223 252 8.6e-37 125.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808240.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 224 254 1.8e-58 195.1 PPR repeat family
XP_057808240.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 233 330 9.8e-13 48.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057808240.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 236 269 2.4e-33 114.3 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 240 287 1.8e-58 195.1 PPR repeat family
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 243 273 6.9e-40 133.2 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 265 320 8.6e-37 125.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808240.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 272 304 2.4e-33 114.3 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 308 6.9e-40 133.2 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 307 339 2.4e-33 114.3 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 310 355 8.6e-37 125.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808240.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 310 357 1.8e-58 195.1 PPR repeat family
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 343 6.9e-40 133.2 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 349 378 6.9e-40 133.2 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 388 413 6.9e-40 133.2 PPR repeat
XP_057808240.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 422 447 6.9e-40 133.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952257.1
TAAATAAACTAAGGCCCAAAATTATAGGCCCAAATCTCTATCTCTCTCTCTTCTCTCACAAACTCACAACTCACAAGCACAGACACTCATCTCTTCTCTCTCTCTCTGTTATCTCACAGAACACGCACACACACAAAGTGACGCCGCCCCACCCTTTGCCAAAATCCGGCGACACTTCGCCAGTCACCGCCACCGCTTGCACCCTCACTTCTCTCTCTTGCCTCTTCAGAAACCCCAAATTAAGGAAAATCCCTAAATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022737
ATGTACTGTGTAGTGACGCGGAGACTCCAACGCCTGTCTCTCTCCGCCTCTCCGACGCCATTAACAAGGTACTTGTGTTCAATCCCTAACCCCCTATCCTCCCAAAACGACGACGTCGAGAGAATCTTCCGCATAATCACCACTCCTTCAGACCCGAAATCCCTAAAATACTCCCTTAAAAATTCCCAAATCCCCCTTTCCAATGACGTGATTGACAAAGTTCTCAAGAGGGTCCGCTTCTCTCACTCCAATCCGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808240.1
MYCVVTRRLQRLSLSASPTPLTRYLCSIPNPLSSQNDDVERIFRIITTPSDPKSLKYSLKNSQIPLSNDVIDKVLKRVRFSHSNPLSALEFYKFTSRINGFLHTPYSLDTMLYVLGRTRKFEEIWELLLETKRKDQSLITPRTVQVVLARIAKVCSVRQTVESFKKFRKLVLKFDVNCYNALFRTLSQEKSMSDARNVYHSLKHEFRPNLHTFNILLAGWKSSEEAEAFFGEMKEMGVEPDLVSYNCLVDVFCKGRELQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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