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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002049

染色体: Chr01 坐标: 36304411-36307719 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002049
名称SmilChr01G002049
描述4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36304411 - 36307719 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022997
GeneID131022997
locus_tag-
NCBI NameLOC131022997
原始查询SmilChr01G002049

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, chloroplastic-like
产物4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G45440 (DHDPS2)
dihydrodipicolinate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819152]
identity=79.5; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0574800
-
identity=79.4; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008840 (4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity); GO:0009089 (GO:0009089)
KEGGsmil00261 (Monobactam biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00300 (Lysine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00701 (DHDPS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022997

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057808520.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057808520.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808520.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808520.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808520.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:36307004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr1:36307048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C65
Chr1:36307229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B4,C36
Chr1:36307230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B4,C36
Chr1:36307351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr1:36307366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C3
Chr1:36307473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808520.1
352 aa
N
1
176
352
DHDPS
C
PF00701 DHDPS 53-326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808520.1 Pfam PF00701 DHDPS Domain 53 326 3.5e-91 305.6 Dihydrodipicolinate synthetase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952537.1
GAACAAGTATTACGATTTGAGCTGGACGTGTTTTGACACCTGTCATTAGACAAAAAACCTAATTGATAGCACGTCCGCCGCCATGGCCAATTTATTCAGGTTTTTTTAACTCTACCTCTTCCCCGTATCGTCGCCGCCGCCCCACTCTAGCCGCCGGTGTCGACCTCCGTCCCCAGGAGCTGTGATATTCTAATGCGTCTGAGCTCCCGTCGTCGGAGCGTTAATCGTTGCTGGAGAATTACGTAGTTTTGCTTAGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022997
ATGGCGTTGGTGATCGGATGTTGCTCTCTCAAGTCTACTCATCGAGGTGTGCTTCCAAAATGGAGATCACCTAGAGCAGCTGTGATTCCCAACTTTCACCTCCCAATGCGTAGTAACGAAGTTAAAAATAGGACTAATGTTGATGACATAAAATCGCTGAGACTGATTACAGCCATCAAGACACCGTATCTCCCGGATGGTAGATTCGACTTGGAGGCCTATGATGCCTTAGTGAACATGCAAATCGAAGATGGTGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808520.1
MALVIGCCSLKSTHRGVLPKWRSPRAAVIPNFHLPMRSNEVKNRTNVDDIKSLRLITAIKTPYLPDGRFDLEAYDALVNMQIEDGVEGVIVGGTTGEGQLMSWDEHIMLIGHTVNCFGSSVKVIGNTGSNSTREAIHATEQGFAVGMHAALHINPYYGKTSLEGLVSHFDSVLPMGPTIIYNVPSRTGQDIPPRVIHTVAQSTNLAGIKECVGNDRVEQYTSNGIVVWSGNDDECHDSRWEYNATGVISVTSNLIPSLMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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