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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002063

染色体: Chr01 坐标: 36461325-36463456 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002063
名称SmilChr01G002063
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02420
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36461325 - 36463456 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023105
GeneID131023105
locus_tag-
NCBI NameLOC131023105
原始查询SmilChr01G002063

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02420
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02420
ArabidopsisAT1G02420 (AT1G02420)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837779]
identity=67.3; qcov=0.903; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0208600 (OSJNBa0014O06.14)
-
identity=56.7; qcov=0.897; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808632.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808632.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808632.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808632.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808632.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:36461786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B32
Chr1:36461819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr1:36461967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:36462349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:36462501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C72
Chr1:36462645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:36462666 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B24
Chr1:36462666 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B24
Chr1:36462888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:36462903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B57,B80,C10,C6
Chr1:36462996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B99
Chr1:36463016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808632.1
505 aa
N
1
252
505
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 173-218 aa PF01535 PPR 223-239 aa PF13812 PPR_3 224-253 aa PF13041 PPR_2 225-255 aa PF23276 TPR_24 234-333 aa PF12854 PPR_1 237-270 aa PF13041 PPR_2 241-288 aa PF01535 PPR 244-274 aa PF13812 PPR_3 265-321 aa PF12854 PPR_1 273-305 aa PF01535 PPR 279-309 aa PF12854 PPR_1 308-340 aa PF13812 PPR_3 311-356 aa PF13041 PPR_2 311-358 aa PF01535 PPR 315-344 aa PF13812 PPR_3 335-393 aa PF01535 PPR 350-379 aa PF01535 PPR 389-414 aa PF01535 PPR 423-448 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 173 218 3.9e-37 126.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 223 239 1.2e-39 132.5 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 224 253 3.9e-37 126.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 225 255 2.8e-58 194.5 PPR repeat family
XP_057808632.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 234 333 1.2e-12 48.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057808632.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 237 270 7.3e-34 115.9 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 241 288 2.8e-58 194.5 PPR repeat family
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 274 1.2e-39 132.5 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 265 321 3.9e-37 126.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808632.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 273 305 7.3e-34 115.9 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 279 309 1.2e-39 132.5 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 308 340 7.3e-34 115.9 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 311 356 3.9e-37 126.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 358 2.8e-58 194.5 PPR repeat family
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 315 344 1.2e-39 132.5 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 335 393 3.9e-37 126.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 350 379 1.2e-39 132.5 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 389 414 1.2e-39 132.5 PPR repeat
XP_057808632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 423 448 1.2e-39 132.5 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952649.1
TTAAATAAACTAAGGCCTAAAATCATAGGCCCAAATCTCTATCTCTCTCTCTCTTCTCTCACAGACTCACAAGCACAGACACTCATCTCTCTTTCTCTCTGTTATCTCACAGAACACGCACACACATAAAGTGACGCCGCCCCCCCCACCCTTCTTTGCCAAAATCCGGCGACACTTCGCCAGTCACCGCCACCGCTTGCACCCTCACTTCTCTCTCTTGCCTCTTCCGAAACCCCAAATTAAGGAAAATCCCTAAATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023105
ATGTACTGTGTAGTGGCGCGGAGACTCCAACGCCTGTCTCTCTCCGCCTCTCCGACGCCATTAACAACAAGGTACTTGTGTTCAATCCCTAACCCCCTATCCTCCCAAAACGACGACGTTGAGAGAATCTTCCGCATAATCACCACTCCTTCAGACCCGAAATCCCTAAAATACTCCCTTAAAAATTCCCAAATCCCCCTTTCCAATGACGTGATTGACAAAGTTCTCAAGAGGGTCCGCTTCTCTCACTCCAATCCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808632.1
MYCVVARRLQRLSLSASPTPLTTRYLCSIPNPLSSQNDDVERIFRIITTPSDPKSLKYSLKNSQIPLSNDVIDKVLKRVRFSHSNPLSALEFYKFTSRINGFLHTPYSLDTMLYVLGRTRKFEEMWELLLETKRKDQSLITPRTVQVVLARIAKVCSVRQTVESFKKFRKLVLKFDVNCYNALFRTLSQEKSMSDARNVYHSLKHEFRPNLHTFNILLAGWKSSEEAEAFFGEMKEMGVEPDLVSYNCLVDVFCKGRELQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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