当前解析结果
SmilChr01G002070| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002070 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002070 |
| 描述 | late blight resistance protein R1-A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 36565220 - 36571342 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023166 |
|---|---|
| GeneID | 131023166 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023166 |
| 原始查询 | SmilChr01G002070 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | late blight resistance protein R1-A-like |
| 产物 | late blight resistance protein R1-A-like |
| Arabidopsis | AT1G53350 (AT1G53350)Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771] identity=24.9; qcov=1.01; evalue=9.03e-36; confidence=weak |
| Rice | Os08g0424700 (P0456B03.103)- identity=25; qcov=0.837; evalue=2.27e-36; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023166 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057808701.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808696.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057808701.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808696.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808696.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808696.1PF00931
NB-ARC 217-377 aa
PF23598
LRR_14 605-873 aa
XP_057808701.1PF00931
NB-ARC 159-319 aa
PF23598
LRR_14 547-816 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808696.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 217 | 377 | 5.1e-29 | 101.8 | NB-ARC domain |
XP_057808696.1 |
Pfam | PF23598 |
LRR_14 | Repeat | 605 | 873 | 7.3e-12 | 45.4 | Leucine-rich repeat region |
XP_057808701.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 159 | 319 | 5.1e-29 | 101.8 | NB-ARC domain |
XP_057808701.1 |
Pfam | PF23598 |
LRR_14 | Repeat | 547 | 816 | 6.3e-12 | 45.6 | Leucine-rich repeat region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。