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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002074

染色体: Chr01 坐标: 36658476-36659473 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002074
名称SmilChr01G002074
描述chaperone protein dnaJ 20, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36658476 - 36659473 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023194
GeneID131023194
locus_tag-
NCBI NameLOC131023194
原始查询SmilChr01G002074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ 20, chloroplastic-like
产物chaperone protein dnaJ 20%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G13830 (J20)
DNAJ-like 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827017]
identity=45.5; qcov=1.06; evalue=2.82e-41; confidence=medium
RiceOs01g0101700 (OsDjC1)
-
identity=52.8; qcov=0.718; evalue=7.36e-36; confidence=medium
GOGO:0009507 (chloroplast); GO:0061077 (GO:0061077)
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023194

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057808722.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057808722.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808722.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808722.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808722.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808722.1
177 aa
N
1
88
177
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 61-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808722.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 61 125 6.1e-19 68.6 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952739.1
GCCACCAAATCACACGCACCAAACCAGAAAAGAGTAGCAAAAATCAACACACACAAAAAAGAAATAGAAAAAATGAGTTCGAAAATCATCTCGAGCTGCCATCCAACACTCCATGTTGAGTCAATTCCCAAACAATCACCCCAAATTATGTCCTTCAGTTCCCAGCTAATTATCAAGTCAAGAAAGCCATCGAAGGCCCGCGCCACGGCCCGAATCTCAGCCTCATACGCCCCTGCCCGAACCAAGGAGACACTGTACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023194
ATGAGTTCGAAAATCATCTCGAGCTGCCATCCAACACTCCATGTTGAGTCAATTCCCAAACAATCACCCCAAATTATGTCCTTCAGTTCCCAGCTAATTATCAAGTCAAGAAAGCCATCGAAGGCCCGCGCCACGGCCCGAATCTCAGCCTCATACGCCCCTGCCCGAACCAAGGAGACACTGTACGAACTGCTGGGAATTGCAGAGGACGTGGGCAGCTATTCCGACATAAAAAAGGCGTACAAACAGATGGCTAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808722.1
MSSKIISSCHPTLHVESIPKQSPQIMSFSSQLIIKSRKPSKARATARISASYAPARTKETLYELLGIAEDVGSYSDIKKAYKQMARKYHPDVSPPDRVDEYTRRFIMVHEAYETLSNPQTRALYDRDLAFGAGFSTSYRKHQDEKEEWRSSWLSQLDELQRRDCRDRSSWGSRMRSY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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