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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002081

染色体: Chr01 坐标: 36756369-36761002 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002081
名称SmilChr01G002081
描述cyclin-C1-2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36756369 - 36761002 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023212
GeneID131023212
locus_tag-
NCBI NameLOC131023212
原始查询SmilChr01G002081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclin-C1-2-like
产物cyclin-C1-2-like
ArabidopsisAT5G48630 (AT5G48630)
Cyclin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834920]
identity=72.4; qcov=1; evalue=2e-137; confidence=high
RiceOs09g0504400 (OsCycC_1)
-
identity=72.4; qcov=1.02; evalue=7.17e-134; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016538 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity); GO:0016592 (mediator complex); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00134 (Cyclin_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808739.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808739.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057808739.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808739.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808739.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808739.1
249 aa
N
1
124
249
Cyclin_N
C
PF00134 Cyclin_N 45-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808739.1 Pfam PF00134 Cyclin_N Domain 45 142 1.6e-19 70.6 Cyclin, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952756.1
TCTATATTTTATAGTGAAAAAAAGGTTAAAAAGAAAATGAAACCGAGAATAAAAGCGTTGAATTCAAAATCGCAATCAAACTGAGTGAAAATAAAGAAGTACACAGAGATAAAATCTGGATTTTTCCCTCAATTTTTTGTAGCTTGACAATTGTACGCTGAGAGTACGTTGCTGACTGCTGAGAGTACGCTGCATCGCGCCCGCCCGTCTCCGCTGCCTCGCGCTCGCACGTCGCCGCCCCCTCGACGCTTTCTTCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023212
ATGGCTGCCAATTTCTGGACTTCATCTCACTACAAGCAGCTTCTTGACCCGGAAGAGGTGGATGTGGTGCATCCACTGGATAAAGAAAGGGGCATAACTGTTGAAGATTGCAAGCTCATCAAATTCCATATTTCCAGCTATATTGTGAAATTGGCACAGTATATCAAAGTGCGGCAGAGGGTGGTTGCTACAGCCATTACATACATGAGACGTGTCTATACCAGGAGAAGTATGACGGAATATAATCCGCGTCTGGTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808739.1
MAANFWTSSHYKQLLDPEEVDVVHPLDKERGITVEDCKLIKFHISSYIVKLAQYIKVRQRVVATAITYMRRVYTRRSMTEYNPRLVAPTCLYLAAKAEESTVQARLLAFYIKKVQSDEKYRCEIKEILEMEMKILEALNYYLVVFHPYRALTQLLQDAGMTDSTQQTWGLVNDTYKMDLILVHPPHLIALACIYIASVWKDKENTAWFEELRVDMNVVKNIAMEILDFYDSHKVMTDDNRISAAMNKLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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