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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002087

染色体: Chr01 坐标: 36856404-36857548 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002087
名称SmilChr01G002087
描述uncharacterized SmilChr01G002087
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36856404 - 36857548 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023301
GeneID131023301
locus_tag-
NCBI NameLOC131023301
原始查询SmilChr01G002087

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023301

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808833.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057808833.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057808833.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808833.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808833.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:36856413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B75,C13,C16,C58,D4
Chr1:36856418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C86,D3
Chr1:36856426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C16,C58
Chr1:36856436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B20,B52,B59
Chr1:36856482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B35
Chr1:36856486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:36856490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:36856505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B101,B115,B126,B89
Chr1:36856507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:36856523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B23,B63,C65
Chr1:36856526 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 79 A14,A18,A19,A21,A3,A4,A6,A7,B10,B100,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B113,B114,B119,B120,B126,B127,B135,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B34,B36,B39,B40,B45,B48,B5,B56,B7,B8,B81,B83,B84,B94,B95,B96,B97,C12,C13,C18,C23,C26,C28,C29,C3,C31,C38,C40,C42,C50,C56,C61,C63,C73,C78,C8,C82,C83,C85,C9,D1,D11,D2,D7,D8,D9
Chr1:36856531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952850.1
AGAAGATGCGTGCGGGAAGAAAGAAGAAGAAGGTGACCGAGGCCTCTAGTGATCTCGAGGTCAGCGAGACAGTCATTCCGATCAGCGCTTCGCCTGTTATTCCGGTCTCTACTTCGCCGGTTCGAAAGGGCAAGGAAAGGAGGCGTGACGACGATGATGATGCTGATTGGGCTAGTGACTCTATTCGTCTTACCTTTCCGTTTGATGCTTCTGCATACGCGGATGTCCGCCCGTTCCGCAAGGAGTTGGGCAAGTTACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023301
ATGCGTGCGGGAAGAAAGAAGAAGAAGGTGACCGAGGCCTCTAGTGATCTCGAGGTCAGCGAGACAGTCATTCCGATCAGCGCTTCGCCTGTTATTCCGGTCTCTACTTCGCCGGTTCGAAAGGGCAAGGAAAGGAGGCGTGACGACGATGATGATGCTGATTGGGCTAGTGACTCTATTCGTCTTACCTTTCCGTTTGATGCTTCTGCATACGCGGATGTCCGCCCGTTCCGCAAGGAGTTGGGCAAGTTACTTTGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808833.1
MRAGRKKKKVTEASSDLEVSETVIPISASPVIPVSTSPVRKGKERRRDDDDDADWASDSIRLTFPFDASAYADVRPFRKELGKLLWPEDRNALVGLKSGAPDATVDHIFLGLQGVLHLSERIRELEKSVKKLRAERVDLDDILKTRDEEIARLKVELQTQLDVGRLAGDRAKTLAEQLEAVNSTVSFFTDKLDFVGTEEEVQARAQMAQDYLDGRAKTWNTTSMLEAYAELMERRAEEAAEVADLAATLGGLGTGGPSAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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