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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002088

染色体: Chr01 坐标: 36861484-36862224 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002088
名称SmilChr01G002088
描述uncharacterized SmilChr01G002088
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36861484 - 36862224 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007433
GeneID131007433
locus_tag-
NCBI NameLOC131007433
原始查询SmilChr01G002088

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=25.4; qcov=0.801; evalue=1.34e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007433

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790448.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790448.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057790448.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790448.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790448.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:36861492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C69
Chr1:36861561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:36861569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:36861625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:36861937 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C64
Chr1:36861937 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C64
Chr1:36861982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr1:36862075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:36862086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B107
Chr1:36862091 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B12,C13
Chr1:36862091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C13
Chr1:36862114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934465.1
ATGGCCAAGTTACCAGAGTACAACTTGTCCATCTCACCGGCTGAGGCAGTCCTAGCTCTCAAGAATCTAGGCAACAAAGTCAAATGGCCAGAAAAGATGAGGGCACCAGCCGACCAGAGAGATAGATCTAAGTGGTGCGAGTTTCATGCCGACCATGGACACCGAACGGAGGATTGCATTGCATTACGATTGGAAGTGGCTCATTTACTCAAAGAAGGTCACCTAACCGAGTTCCTAACAGACAAGGGTCAACACACCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007433
ATGGCCAAGTTACCAGAGTACAACTTGTCCATCTCACCGGCTGAGGCAGTCCTAGCTCTCAAGAATCTAGGCAACAAAGTCAAATGGCCAGAAAAGATGAGGGCACCAGCCGACCAGAGAGATAGATCTAAGTGGTGCGAGTTTCATGCCGACCATGGACACCGAACGGAGGATTGCATTGCATTACGATTGGAAGTGGCTCATTTACTCAAAGAAGGTCACCTAACCGAGTTCCTAACAGACAAGGGTCAACACACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790448.1
MAKLPEYNLSISPAEAVLALKNLGNKVKWPEKMRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLKEGHLTEFLTDKGQHTLKHGSDLKHGSDRRDERREVTPPNPPNHERTVNVISGGSEVSGTHSAAKRYTRQARSSRTRESMTGQAMTDQPTQIISFQTTESDKLLNPHHDALVIYIYIANCLTKRVLIDNGSSANIMFINAFREMGLNESNIARKTAVLIGFSGESKTTVGEIDLPV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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