Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002099`

染色体: Chr01 坐标: 37029265-37030785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002099`
名称	SmilChr01G002099
描述	uncharacterized SmilChr01G002099
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37029265 - 37030785 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023376`
GeneID	`131023376`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023376`
原始查询	`SmilChr01G002099`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0458100; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0458100; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25130` (AT3G25130) acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family B protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822104] identity=64; qcov=0.136; evalue=6.48e-15; confidence=weak
Rice	`Os11g0458100` - identity=37.1; qcov=0.379; evalue=9.61e-17; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023376

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057808900.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057808900.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808900.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808900.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808900.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37029565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:37029635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B99
`Chr1:37029713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B122
`Chr1:37029789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C2,C53,C59
`Chr1:37029950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,B78
`Chr1:37030100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B35,B76
`Chr1:37030267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:37030277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:37030282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:37030301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:37030394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,C66,C70
`Chr1:37030405`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952917.1
AAGCTTTCTTTCGAAAGGAAATCGCCCTTTTTTCTTTGCATTGTCTGTCGCTAGTTAGTTATATTACATGATCAATCTATCTTCCCTTTATTCACGCCGCATTCACTACTTCCATCACTACACTTCCCAATCAACAAGATTCCTTCTTCTTCTTGGTCTTCTTCTTCCCCATTTCTTCACCATCTCCCATTTTTCTATTACCCTCTCTCCCTAGACTTGGAGAAATGTCTGAGCTGTGCAGCTCCAAGTGTCATTTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023376
ATGTCTGAGCTGTGCAGCTCCAAGTGTCATTTTTCTAGTCTGATCATCTCTGACTTGATCCTCCTCTGCTCCTTCATTCTCTCTCATCCCCTCTACTTCTCCTACTTCATCTTCTTCTCCCCTTACCTCTTCACCCTCATCTCCTTTCTCTCTCCTCTCTTCCTCACCACTTCCCTCCTCTTCCTCGCCTTCCTCGTCCACACCCAAACCCGCTTCACTTCCATCCTTGAAAGCTTGCAGTTCAATAAATTAGATCATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808900.1
MSELCSSKCHFSSLIISDLILLCSFILSHPLYFSYFIFFSPYLFTLISFLSPLFLTTSLLFLAFLVHTQTRFTSILESLQFNKLDHPNEEEPQRYDDLGIYDILFCPPSMAAVTEETPSPSQISDQTPPKDQILELNSLPGPDEEAPIAVTGKFEDSGEEKVSETPPCGGVVMEEKRLENFLKILDEFERLASNAEEKKQPLPRSAKSDKAVEKQKSLFVNGSEAAACVNNNSNRIGSKSQSHDQQSLSSYGSMRREREW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器