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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002101

染色体: Chr01 坐标: 37049818-37054190 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002101
名称SmilChr01G002101
描述ethylene-responsive transcription factor-like protein At4g13040
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37049818 - 37054190 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023385
GeneID131023385
locus_tag-
NCBI NameLOC131023385
原始查询SmilChr01G002101

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor-like protein At4g13040
产物ethylene-responsive transcription factor-like protein At4g13040
ArabidopsisAT4G13040 (AT4G13040)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826918]
identity=76.1; qcov=0.42; evalue=9.11e-47; confidence=low
RiceOs02g0499000 (OsERF#140)
-
identity=58.9; qcov=0.9; evalue=5.24e-49; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023385

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808910.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808910.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808910.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808910.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37051620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B55,B91,C2,C57
Chr1:37053069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B18,B28,C74
Chr1:37053639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C39
Chr1:37053766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952933.1
TTCTCTCTTATTCAACCATCAACCTCCGTCTCTCTCTCCTTTCTCTCTCCACCCAACATCACCACACCACCCTCCCCAATTACAAAAGACATTATGATAGTAAAAATAAAACAAAAGGTGGTAGATGCATGAGTAAAACACCAACTACTTGTGTGTTGTAAACTACAAACCACTCTCCTCTTTCTCTCTCTATTCTTACCATCTTCCTTTTGTAATCCACACAAACCAAAACCACCCCACCACCCCCTCCCCCTCCTCCT...
XM_057952936.1
TGACTTGTGGTCTTGCACTAATTGCTGGTTGCCATATGGGCTCTGGCATTGGCTCAATCTTGAATGATGACAAAGTTTGTGTTTTTCGAGCTGTTTTGTTGCGGGAGAAGTAGAACCTGCCATGGTGAGCCTTCGGAGGCGCAAGCTCTTAGGATTGTGCTCTGGATTCAATTCTTTCTTGGCTCCAATTTCTCCGATCTTTGAGCAAGGACAGAATCCACAGACCGCTGAAAGCACTAAACCAGTCAGTGTTCATCCTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131023385
ATGAAATTCCTTTTTCTGTATAGGGTGATGGGTGGAGAAGTAGAACCTGCCATGGTGAGCCTTCGGAGGCGCAAGCTCTTAGGATTGTGCTCTGGATTCAATTCTTTCTTGGCTCCAATTTCTCCGATCTTTGAGCAAGGACAGAATCCACAGACCGCTGAAAGCACTAAACCAGTCAGTGTTCATCCTCTGCCTTTAAATGATAGTCGCAAACCAAAAGAAGAAACCAGCTTGGAAGCTGGGCCTGGTTCATCAAACAT...
LOC131023385
ATGGTGAGCCTTCGGAGGCGCAAGCTCTTAGGATTGTGCTCTGGATTCAATTCTTTCTTGGCTCCAATTTCTCCGATCTTTGAGCAAGGACAGAATCCACAGACCGCTGAAAGCACTAAACCAGTCAGTGTTCATCCTCTGCCTTTAAATGATAGTCGCAAACCAAAAGAAGAAACCAGCTTGGAAGCTGGGCCTGGTTCATCAAACATGTCTGCTGCTTCAAGTGCATCGATTCAGCATTTTCCCGAGGTTAAACGAAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057808910.1
MKFLFLYRVMGGEVEPAMVSLRRRKLLGLCSGFNSFLAPISPIFEQGQNPQTAESTKPVSVHPLPLNDSRKPKEETSLEAGPGSSNMSAASSASIQHFPEVKRRKRHRRKHVENQEPCIMRGVYFKNLKWQAAIKVDKKQIHLGTVGSQEEAARLYDRAAFMCGREPNFELSEEEKQELRKFNWDEFLAITRSAITNKKSQRRNGTGPRRKLLDHDWEGEQGRSGISASDDDMLAP
XP_057808916.1
MVSLRRRKLLGLCSGFNSFLAPISPIFEQGQNPQTAESTKPVSVHPLPLNDSRKPKEETSLEAGPGSSNMSAASSASIQHFPEVKRRKRHRRKHVENQEPCIMRGVYFKNLKWQAAIKVDKKQIHLGTVGSQEEAARLYDRAAFMCGREPNFELSEEEKQELRKFNWDEFLAITRSAITNKKSQRRNGTGPRRKLLDHDWEGEQGRSGISASDDDMLAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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