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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002115

染色体: Chr01 坐标: 37184435-37187517 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002115
名称SmilChr01G002115
描述uncharacterized SmilChr01G002115
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37184435 - 37187517 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023507
GeneID131023507
locus_tag-
NCBI NameLOC131023507
原始查询SmilChr01G002115

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839399]; symbol=AT1G04850; hit=AT1G04850; species=arabidopsis; confidence=high
产物ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839399]; symbol=AT1G04850; hit=AT1G04850; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G04850 (AT1G04850)
ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839399]
identity=52.7; qcov=1.02; evalue=9.11e-85; confidence=high
RiceOs02g0504500
-
identity=53.4; qcov=0.997; evalue=9.26e-83; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00627 (UBA); PF09409 (PUB); PF22562 (UBA_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809036.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057809041.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057809041.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057809041.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37184733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:37185210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B31
Chr1:37185342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:37185392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B135,C23
Chr1:37185728 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C16,D1
Chr1:37185728 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 C16,D1
Chr1:37185779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B55,B91,C57
Chr1:37186410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B139,C16,D1
Chr1:37186423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B35,B76
Chr1:37186836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B35,B76
Chr1:37187034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:37187308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809036.1
328 aa
N
1
164
328
PUB
C
PF09409 PUB 234-303 aa
XP_057809041.1
312 aa
N
1
156
312
UBA
UBA_7
PUB
C
PF00627 UBA 3-40 aa PF22562 UBA_7 4-48 aa PF09409 PUB 218-287 aa
XP_057809044.1
312 aa
N
1
156
312
UBA
UBA_7
PUB
C
PF00627 UBA 3-40 aa PF22562 UBA_7 4-48 aa PF09409 PUB 218-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809036.1 Pfam PF09409 PUB Domain 234 303 1.8e-22 79.8 PUB domain
XP_057809041.1 Pfam PF00627 UBA Domain 3 40 3.3e-08 33.9 UBA/TS-N domain
XP_057809041.1 Pfam PF22562 UBA_7 Domain 4 48 1.9e-13 50.8 UBA-like domain
XP_057809041.1 Pfam PF09409 PUB Domain 218 287 3.4e-22 78.9 PUB domain
XP_057809044.1 Pfam PF00627 UBA Domain 3 40 3.3e-08 33.9 UBA/TS-N domain
XP_057809044.1 Pfam PF22562 UBA_7 Domain 4 48 1.9e-13 50.8 UBA-like domain
XP_057809044.1 Pfam PF09409 PUB Domain 218 287 3.4e-22 78.9 PUB domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953053.1
TAAAAAGCAAAGAATTCAAATTTTCGAATTAAAAATATAGAGACCGGAGAAATCAAGAAGCTGAAAGCAGTTGAATTGGGTTAGGAATTAAGGGCAAGGAATCGGAATCTCAATGCTTCCAATGGCGGACTCTTCTCTTCTCCAACATTCGCCACTTCTCAGAAACCTTATTCACAAACCATCCATTGCCGCCTATTTTTTTGAGCTGCGGAAAATTGTTTCCTCGAGCTTGCAATTCGGAAAAAGTAATTCGAGTATCG...
XM_057953058.1
AGAATTCAAATTTTCGAATTAAAAATATAGAGACCGGAGAAATCAAGAAGCTGAAAGCAGTTGAATTGGGTTAGGAATTAAGGGCAAGGAATCGGAATCTCAATGCTTCCAATGGCGGACTCTTCTCTTCTCCAACATTCGCCACTTCTCAGAAACCTTATTCACAAACCATCCATTGCCGCCTATTTTTTTGAGCTGCGGAAAATTGTTTCCTCGAGCTTGCAATTCGGAAAAATTCTGTATATTAGAAATGGAAGTAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131023507
ATGCTTCCAATGGCGGACTCTTCTCTTCTCCAACATTCGCCACTTCTCAGAAACCTTATTCACAAACCATCCATTGCCGCCTATTTTTTTGAGCTGCGGAAAATTGTTTCCTCGAGCTTGCAATTCGGAAAAAGTAATTCGAGTATCGAGGATGCTATTAATTGGCTTGTTGATCATGGGGATGATGCTACAAGTGAACCTTCAGTGGAACCTGAGCTTCTCGAAGACATAAACATTGAAGCATCTTGCCCCATTCAGAT...
LOC131023507
ATGGAAGTAGATGAGAGAATGCTGGGCGAACTCGAAGCAATGGGATTCTCCAAGAAACTGGCCGCAAAGGCACTTTCTTCTTCTGGTAATTCGAGTATCGAGGATGCTATTAATTGGCTTGTTGATCATGGGGATGATGCTACAAGTGAACCTTCAGTGGAACCTGAGCTTCTCGAAGACATAAACATTGAAGCATCTTGCCCCATTCAGATTTCGGAACAAGTTAAGTTGAGAGCACAGGAGCTGAGGGGTCAAGCACG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057809036.1
MLPMADSSLLQHSPLLRNLIHKPSIAAYFFELRKIVSSSLQFGKSNSSIEDAINWLVDHGDDATSEPSVEPELLEDINIEASCPIQISEQVKLRAQELRGQARKRRAEQEKKLDRERETGRIRMGKELLEAKRMAEESERKRFIAQQKADKEEEKRARERIRQKLQQDKLERRGMLGLPREVPAPVNTGLPQETNNPEPVDPAVLPETPASAREHMRECLRNLKHQNKDDNTRATRAFQTLLIYVKNVFKDPNEGKFRKI...
XP_057809041.1
MEVDERMLGELEAMGFSKKLAAKALSSSGNSSIEDAINWLVDHGDDATSEPSVEPELLEDINIEASCPIQISEQVKLRAQELRGQARKRRAEQEKKLDRERETGRIRMGKELLEAKRMAEESERKRFIAQQKADKEEEKRARERIRQKLQQDKLERRGMLGLPREVPAPVNTGLPQETNNPEPVDPAVLPETPASAREHMRECLRNLKHQNKDDNTRATRAFQTLLIYVKNVFKDPNEGKFRKIRISNPVFQDRVGRFEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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