当前解析结果
SmilChr01G002123| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002123 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002123 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 87A2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 37227166 - 37230214 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023557 |
|---|---|
| GeneID | 131023557 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023557 |
| 原始查询 | SmilChr01G002123 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 87A2-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 87A2-like |
| Arabidopsis | AT2G30140 (UGT87A2)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817566] identity=47.3; qcov=0.998; evalue=2.68e-138; confidence=high |
| Rice | Os01g0805400 (OsEnS-18)- identity=39.4; qcov=1.04; evalue=1.27e-96; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023557 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057809087.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057809087.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809087.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809087.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809087.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:37227506 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C9 |
Chr1:37227608 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C78 |
Chr1:37227647 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:37227680 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr1:37228025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,C31,C55,C80,C84 |
Chr1:37228104 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:37229611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr1:37229953 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C56,D7 |
Chr1:37229989 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
Chr1:37230052 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B45,C72,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809087.1PF00201
UDPGT 262-372 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809087.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 262 | 372 | 1.4e-20 | 74.3 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。