当前解析结果
SmilChr01G002124| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002124 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002124 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 87A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 37236574 - 37239880 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023566 |
|---|---|
| GeneID | 131023566 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023566 |
| 原始查询 | SmilChr01G002124 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 87A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 87A1-like |
| Arabidopsis | AT2G30150 (AT2G30150)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817567] identity=48.8; qcov=0.917; evalue=5.64e-155; confidence=high |
| Rice | Os01g0805500 (OsUGT87C1)- identity=48.4; qcov=0.77; evalue=8.19e-111; confidence=high |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023566 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057809093.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057809093.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809093.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809093.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809093.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:37236822 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 76 | A10,A15,A16,A19,A20,A21,A25,A6,A7,B101,B105,B108,B109,B115,B117,B121,B122,B124,B127,B13,B131,B132,B133,B134,B136,B14,B15,B16,B22,B25,B27,B28,B30,B31,B34,B37,B38,B41,B42,B43,B45,B52,B58,B65,B67,B69,B70,B77,B79,B8,B83,B87,B91,B94,C1,C17,C20,C29,C31,C4,C42,C49,C53,C54,C57,C59,C61,C65,C70,C71,C74,C75,C78,C85,C86,D9 |
Chr1:37236850 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B11 |
Chr1:37236853 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
Chr1:37236871 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C51,C86 |
Chr1:37236878 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A1 |
Chr1:37236879 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr1:37236880 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B94,C12,D3 |
Chr1:37237077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:37237206 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr1:37237248 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:37237310 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C9 |
Chr1:37237375 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809093.1PF00201
UDPGT 287-414 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809093.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 287 | 414 | 1.7e-22 | 80.6 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。