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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002126

染色体: Chr01 坐标: 37252822-37256615 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002126
名称SmilChr01G002126
描述UDP-glycosyltransferase 87A1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37252822 - 37256615 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023587
GeneID131023587
locus_tag-
NCBI NameLOC131023587
原始查询SmilChr01G002126

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 87A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 87A1-like
ArabidopsisAT2G30150 (AT2G30150)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817567]
identity=47.5; qcov=0.98; evalue=1.97e-147; confidence=high
RiceOs01g0805400 (OsEnS-18)
-
identity=41.2; qcov=1; evalue=1.35e-108; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023587

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809116.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057809116.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809116.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809116.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809116.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37252999 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 181 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A18,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A8,B10,B100,B101,B103,B104,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B117,B119,B12,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B134,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B17,B19,B2,B21,B22,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B66,B68,B69,B70,B71,B73,B76,B78,B79,B8,B85,B86,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B96,C1,C10,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C6,C60,C62,C63,C65,C67,C68,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C81,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D6
Chr1:37253008 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 16 A21,B10,B119,B136,B17,B29,B5,B51,B58,B71,B95,C15,C27,C54,C56,C87
Chr1:37253201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C57,C75
Chr1:37253354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B84,C76
Chr1:37253448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:37253450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:37253491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:37253782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C74
Chr1:37256000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr1:37256031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C8
Chr1:37256064 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A20,B18,B28
Chr1:37256064 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 A20,B18,B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809116.1
460 aa
N
1
230
460
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 261-384 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809116.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 261 384 1.4e-21 77.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953133.1
CATTAAGTAAAACAATACACCGTTATCATGAAGCAATTAATCGTAAATACATAAGAAGTATGGATAAAAGTAGTAGGGCTCAGCAGTCACCACTTTTGTTTTTCTTTTTTTCCAAATTGGGGTTGGTATAAGAAAGACAATTGATGTTTGTGCGGGTGTATGAATTGTAGTAGTAGGTAGGCCCTTCATTTTGAAGTGAAGTTAGAACAAAAACCTCATGGCGCCGGCGGCCACTAGCGAGCCAATCAGGGTGTGCCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023587
ATGGCGCCGGCGGCCACTAGCGAGCCAATCAGGGTGTGCCACGTGGTGGCGGTACCGTATCCCGGCAGAGGCCACGTCAACCCCATGATGAATCTGTGCAAGCTGCTCGCGAGCTCGAAGCCGGATCTCCTCATCACCGTCGTCCTCACGGAGGAGTGGCTCGGCTTGATCGGCGCCGAGGAGAAGCCGCCCAGCATCCGCTTCGCCACCATCCCCAACGTGCTCCCGTCGGAGCAGGAGCGCGCCGCCGACATGCCCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809116.1
MAPAATSEPIRVCHVVAVPYPGRGHVNPMMNLCKLLASSKPDLLITVVLTEEWLGLIGAEEKPPSIRFATIPNVLPSEQERAADMPSFVGATQTKMGEPFERLMERLVEPVHFIIADTFLFWAIEFGNRRNIPVASLWPMPASVFSLFYHLDLLERNGDHPFDVSERGEERIDYVPGIKSIRLIDIPSIAYMKDQRLITLVRRIFFNLTNAQYLLISSIYELEPQMMEALKQEFPFPIYTFGPAIPYLNLQNLTSFSTNQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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