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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002128

染色体: Chr01 坐标: 37283513-37294618 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002128
名称SmilChr01G002128
描述chromatin modification-related protein EAF1 B-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37283513 - 37294618 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023602
GeneID131023602
locus_tag-
NCBI NameLOC131023602
原始查询SmilChr01G002128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chromatin modification-related protein EAF1 B-like
产物chromatin modification-related protein EAF1 B-like
ArabidopsisAT3G24880 (AT3G24880)
Helicase/SANT-associated, DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822086]
identity=41; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
RiceOs08g0177300
-
identity=44.8; qcov=0.382; evalue=5.46e-157; confidence=low
GOGO:0035267 (NuA4 histone acetyltransferase complex)
KEGG-
PfamPF07529 (HSA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809130.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809130.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809130.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809130.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37285086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C12,D3
Chr1:37285211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr1:37285245 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr1:37285245 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B7
Chr1:37285432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B67,C71
Chr1:37285448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr1:37285654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:37285790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr1:37285931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr1:37285993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr1:37285999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:37286024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B104,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809130.1
1972 aa
N
1
986
1972
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809135.1
1972 aa
N
1
986
1972
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809138.1
1972 aa
N
1
986
1972
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809143.1
1972 aa
N
1
986
1972
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809150.1
1972 aa
N
1
986
1972
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809155.1
1968 aa
N
1
984
1968
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809161.1
1939 aa
N
1
970
1939
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809168.1
1939 aa
N
1
970
1939
HSA
C
PF07529 HSA 602-639 aa
XP_057809174.1
1816 aa
N
1
908
1816
HSA
C
PF07529 HSA 446-483 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809130.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809135.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809138.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809143.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809150.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809155.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809161.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809168.1 Pfam PF07529 HSA Family 602 639 1.2e-08 35.8 HSA domain
XP_057809174.1 Pfam PF07529 HSA Family 446 483 1.1e-08 35.9 HSA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953152.1
AATTAAATAAAAAAGAAAAATAAATTGCAAATCCTTTTAGAGAGAGAAAGTGAAGGAGCACGAAGACGAAAGAACGGACCTCTAAAACTCTAAAGCACATTTTTACATTAAATTCTCACGCAGAACACACACTGGCATATACATACACGTATTTTGTCTATCTATCAACCTCCATATTCATATTTTTGGTAATGCTTTGATGAATTTCACGTAATCTAGGGCACAAATAGTCCCTTTGCTTTGAGTTGAGGTACCTTGTG...
XM_057953160.1
AATTAAATAAAAAAGAAAAATAAATTGCAAATCCTTTTAGAGAGAGAAAGTGAAGGAGCACGAAGACGAAAGAACGGACCTCTAAAACTCTAAAGCACATTTTTACATTAAATTCTCACGCAGAACACACACTGGCATATACATACACGTATTTTGTCTATCTATCAACCTCCATATTCATATTTTTGGTAATGCTTTGATGAATTTCACGTAATCTAGGGCACAAATAGTCCCTTTGCTTTGAGTTGAGGTACCTTGTG...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131023602
ATGGGATGTAGTTCAGCATCTGTTCGCATAGTCAATGCCGAAGTTGATTCTATGGGAGGTGTTGTTGAGGGCGGAGTTGGAATTGCAATCAAATCTTCTCCGCATAAAGTAGCAATCGAGAAGGTTCAAGTGGAGCTCAGGCAAGAATGTGGCGTTCGGGATGAACGAAAAAGAGAATTGGATTTTCTTGAGAAGGGTGGAAATCCCTTAGATTATAATTTTGGGATTGTTGCTTCAGTTAGTGTTCAGTCTACTTCAAT...
LOC131023602
ATGGGATGTAGTTCAGCATCTGTTCGCATAGTCAATGCCGAAGTTGATTCTATGGGAGGTGTTGTTGAGGGCGGAGTTGGAATTGCAATCAAATCTTCTCCGCATAAAGTAGCAATCGAGAAGGTTCAAGTGGAGCTCAGGCAAGAATGTGGCGTTCGGGATGAACGAAAAAGAGAATTGGATTTTCTTGAGAAGGGTGGAAATCCCTTAGATTATAATTTTGGGATTGTTGCTTCAGTTAGTGTTCAGTCTACTTCAAT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057809130.1
MGCSSASVRIVNAEVDSMGGVVEGGVGIAIKSSPHKVAIEKVQVELRQECGVRDERKRELDFLEKGGNPLDYNFGIVASVSVQSTSITGQHPDQFVTSEAKGSLAFTASPHGDSVESSGRPGTTPCDPNSADNLLLFDAENEFSEGGRSLLRRSSVMQSEQSLQMDGGLKSREQGDSATFSLPRKAYKRRNRSRPNRDGTRSSSTDVNPAHGFHGASLPSRHVPKDVEVLTCDANNQNIMSNLNSKPTSPGNDILPKTVA...
XP_057809135.1
MGCSSASVRIVNAEVDSMGGVVEGGVGIAIKSSPHKVAIEKVQVELRQECGVRDERKRELDFLEKGGNPLDYNFGIVASVSVQSTSITGQHPDQFVTSEAKGSLAFTASPHGDSVESSGRPGTTPCDPNSADNLLLFDAENEFSEGGRSLLRRSSVMQSEQSLQMDGGLKSREQGDSATFSLPRKAYKRRNRSRPNRDGTRSSSTDVNPAHGFHGASLPSRHVPKDVEVLTCDANNQNIMSNLNSKPTSPGNDILPKTVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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