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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002133

染色体: Chr01 坐标: 37316020-37321568 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002133
名称SmilChr01G002133
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37316020 - 37321568 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023661
GeneID131023661
locus_tag-
NCBI NameLOC131023661
原始查询SmilChr01G002133

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
ArabidopsisAT3G24840 (AT3G24840)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822082]
identity=50.4; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0721800 (OsSNDP8)
-
identity=45.6; qcov=1.05; evalue=4.62e-177; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023661

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057809188.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057809188.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057809188.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809188.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809188.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37317094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:37317103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:37317209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,B74,B89,C40,D2
Chr1:37317261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C1,C17,C31,C49
Chr1:37317493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:37318145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:37318461 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B139
Chr1:37318461 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 1 B139
Chr1:37318639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,C5,C72,C9,D9
Chr1:37318847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:37318992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:37320435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809188.1
586 aa
N
1
293
586
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 72-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 149-310 aa
XP_057809193.1
586 aa
N
1
293
586
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 72-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 149-310 aa
XP_057809202.1
586 aa
N
1
293
586
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 72-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 149-310 aa
XP_057809208.1
586 aa
N
1
293
586
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 72-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 149-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809188.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 72 120 1.5e-06 29.0 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057809188.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 149 310 4.8e-26 92.1 CRAL/TRIO domain
XP_057809193.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 72 120 1.5e-06 29.0 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057809193.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 149 310 4.8e-26 92.1 CRAL/TRIO domain
XP_057809202.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 72 120 1.5e-06 29.0 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057809202.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 149 310 4.8e-26 92.1 CRAL/TRIO domain
XP_057809208.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 72 120 1.5e-06 29.0 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057809208.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 149 310 4.8e-26 92.1 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953219.1
TCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTATAACTATATAGGTAATATGTATCTATAGTTAGAGAAAGTGTGTGTGTCTGTTTATAATATAGATACGTTTATAGGCGTTATGTATGTAACAGGAATTCAATCGACGTTGTCATATAAGAATTGTGTTTCTAGAAAGAGAAACGAACAAACGGACTGATCTGAAGGCAGCTTCAGCTGCTATAATATACGTGACTTACACATTCCAAATCAATTTTTGTAGCTGTATATATATGTGTGT...
XM_057953205.1
TCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTATAACTATATAGGTAATATGTATCTATAGTTAGAGAAAGTGTGTGTGTCTGTTTATAATATAGATACGTTTATAGGCGTTATGTATGTAACAGGAATTCAATCGACGTTGTCATATAAGAATTGTGTTTCTAGAAAGAGAAACGAACAAACGGACTGATCTGAAGGCAGCTTCAGCTGCTATAATATACGTGACTTACACATTCCAAATCAATTTTTGTAGCTGTATATATATGTGTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131023661
ATGCCAGAAATAGTTATGATTCATGAAGATGAAAGAGGGAGAAGGTCCGATCTTGAGATTATCCCTGAGGTTGACAAGAGACGCCGTAGGATGAGATCTTTGAGGAGGAAAGCCATGACTGGTTCCACAAGAGGCACAAGTTCTCTGATAAAACGCAGTAGGCAAGTGTTGCATTGCCATTTTTCCTCAATGTCGACGGAGGAGTTTCTCGATGAGGAGGAAGAGAAGGCAGTGAATGCATTTCGTCAGGTTTTGATTGA...
LOC131023661
ATGCCAGAAATAGTTATGATTCATGAAGATGAAAGAGGGAGAAGGTCCGATCTTGAGATTATCCCTGAGGTTGACAAGAGACGCCGTAGGATGAGATCTTTGAGGAGGAAAGCCATGACTGGTTCCACAAGAGGCACAAGTTCTCTGATAAAACGCAGTAGGCAAGTGTTGCATTGCCATTTTTCCTCAATGTCGACGGAGGAGTTTCTCGATGAGGAGGAAGAGAAGGCAGTGAATGCATTTCGTCAGGTTTTGATTGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057809188.1
MPEIVMIHEDERGRRSDLEIIPEVDKRRRRMRSLRRKAMTGSTRGTSSLIKRSRQVLHCHFSSMSTEEFLDEEEEKAVNAFRQVLIERDLLPARQDDYHTLLRFLKARKFDLDKTVHMWEEMLKWRKENGVDSIFQDFVYDEYEEVQHYYPHGYHGVDKGGRPLYIERLGKIEPNKLMSVTTVDRFLKYHVQGFERTFVEKFPACSIAAKRHIDSTTTILDVQGLNWMSFGKVAHDLVMRMQRIDGNNYPETLHHMYIVN...
XP_057809193.1
MPEIVMIHEDERGRRSDLEIIPEVDKRRRRMRSLRRKAMTGSTRGTSSLIKRSRQVLHCHFSSMSTEEFLDEEEEKAVNAFRQVLIERDLLPARQDDYHTLLRFLKARKFDLDKTVHMWEEMLKWRKENGVDSIFQDFVYDEYEEVQHYYPHGYHGVDKGGRPLYIERLGKIEPNKLMSVTTVDRFLKYHVQGFERTFVEKFPACSIAAKRHIDSTTTILDVQGLNWMSFGKVAHDLVMRMQRIDGNNYPETLHHMYIVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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