Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002141`

染色体: Chr01 坐标: 37398801-37401770 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002141`
名称	SmilChr01G002141
描述	uncharacterized SmilChr01G002141
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37398801 - 37401770 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023782`
GeneID	`131023782`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023782`
原始查询	`SmilChr01G002141`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007789]; symbol=AT1G51538; hit=AT1G51538; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007789]; symbol=AT1G51538; hit=AT1G51538; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G51538` (AT1G51538) Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007789] identity=22.1; qcov=0.469; evalue=1.02e-11; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10536 (PMD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023782

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809355.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809355.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809355.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809355.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809355.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37399455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr1:37399464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,C54
`Chr1:37399491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B64
`Chr1:37399796`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:37399819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B74,C74
`Chr1:37400012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B55,B69
`Chr1:37400078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B96,C85
`Chr1:37400155`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr1:37400156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr1:37400167`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr1:37400200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr1:37400208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809355.1

877 aa

438

877

PMD

PF10536 PMD 308-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809355.1`	Pfam	`PF10536`	PMD	Domain	308	552	3.4e-26	93.0	Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953372.1
TTGCCTCCTTTTGCTTGCCTCCTTTTATCTTGACTAGAATTTAATTCACATTTTATTTAAATGCAAATAAATTTCTAAGTCTGGATGTGTTGCTTCCTTGCAGTGTCACGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023782
ATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATTAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCTCATACATTGCATCCGGCCCGTCCTTGGCAAAGCAAGGAATCCAATTTTCTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809355.1
MVVFKDIVVKGQDYLLILSDDEQETEMGMHLRVFPALIGHYVKPWPKLLNSLYQSEWTSEISLNKASKAHTLHPARPWQSKESNFLLTLRRRIIDKDAKWGRVTSFRGEFHFFEGYWEWTEDILSRCGNELRVVGIYDAVYASLFTYDCQPEMVKAFCEAWCPATNTILTSSGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCRYLLSAYYSLKYRDGKDPKSLVSIDEWIKFWSKKASKYSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器