Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002143`

染色体: Chr01 坐标: 37405867-37414122 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002143`
名称	SmilChr01G002143
描述	BTB/POZ domain-containing protein At5g48800-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37405867 - 37414122 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023789`
GeneID	`131023789`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023789`
原始查询	`SmilChr01G002143`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BTB/POZ domain-containing protein At5g48800-like
产物	BTB/POZ domain-containing protein At5g48800-like
Arabidopsis	`AT5G48800` (AT5G48800) Phototropic-responsive NPH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834938] identity=68.9; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0118500` - identity=49.1; qcov=0.959; evalue=4.33e-174; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03000 (NPH3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809366.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809375.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057809366.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057809386.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809382.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37407818`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,B74,B89,C40
`Chr1:37407833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,C2,D1
`Chr1:37407867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,C18,C75,D10
`Chr1:37408085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,D1
`Chr1:37409292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr1:37409334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B113,B118,B25,C61
`Chr1:37409431`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A11,A22,B104,B130,B138,B14,B2,B47,B55,B67,B68,B7,B82,C42,C45,C48,C50,C64,C66,C70,C82
`Chr1:37411890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,C2,D1
`Chr1:37411920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:37412193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B113,B118,B25,C61
`Chr1:37412247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:37412250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C1,C17,C31,C4,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809366.1

640 aa

320

640

NPH3

PF03000 NPH3 206-466 aa

XP_057809375.1

634 aa

317

634

NPH3

PF03000 NPH3 206-460 aa

XP_057809382.1

617 aa

308

617

NPH3

PF03000 NPH3 206-466 aa

XP_057809386.1

608 aa

304

608

NPH3

PF03000 NPH3 206-460 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809366.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	206	466	2.7e-84	283.6	NPH3 family
`XP_057809375.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	206	460	5.3e-88	295.7	NPH3 family
`XP_057809382.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	206	466	2.4e-84	283.7	NPH3 family
`XP_057809386.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	206	460	4.7e-88	295.9	NPH3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953399.1
GAGAACGATTGTGTAGGTGTGTTCCTTTATTCACGCTTCTTTATTAATTTGCACAAATGTTGCAGTAATGCTTTTCAAAAAATTGAGAATTGGAGAGTAGTATAGTATATAAACTTTGTTGTTTTGTTGAGGAGATGACCCACAAGAGAGGCCCAGTGTTTTGGACAATCTGTAATCCATGGTTTGAACACAAAGTGTGTGACAAAATGGCTAAACCACTCTGCCAACAGCAACATCTCTCACTCTCTCTTTCTCTCTCA...

XM_057953383.1
AGAGAACGATTGTGTAGGTGTGTTCCTTTATTCACGCTTCTTTATTAATTTGCACAAATGTTGCAGTAATGCTTTTCAAAAAATTGAGAATTGGAGAGTAGTATAGTATATAAACTTTGTTGTTTTGTTGAGGAGATGACCCACAAGAGAGGCCCAGTGTTTTGGACAATCTGTAATCCATGGTTTGAACACAAAGTGTGTGACAAAATGGCTAAACCACTCTGCCAACAGCAACATCTCTCACTCTCTCTTTCTCTCTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131023789
ATGGACAAGCGTCTCCAGCCGCCGCCGTCGCCCAACTGCAAGAGGCGCCAACGGCGTTGCGAATGGGTGTTTCGAGATGTTCCAAGTGATTTAACTATTGAAGTAGATGCTGCTACATTCTCATTGCATAAGTTCCCTCTCATTTCAAGATGTGGAAGAATCAGGAAGCTGGTAGCGTTGCTCCGTGGCGACTCCGAGGGCTGCACAATCGAGCTCGGCGGCCTACCGGGCGGCGCAGAGTCGTTCGAGCTAGCCGCGCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057809366.1
MDKRLQPPPSPNCKRRQRRCEWVFRDVPSDLTIEVDAATFSLHKFPLISRCGRIRKLVALLRGDSEGCTIELGGLPGGAESFELAAQFCYGVNFEITAANAAHLYCAAHYLEMTEEYSKSNLAARAEEYLDSVVCKSLEMCVEVLRHCEDLLPLADDLRIVPRCIDAIASKACVEQIASSFSRLEYSSSGRLHMSRQSKGGGGGGDWWAEDLSVLRIDLYQRVIAAMKCRGVRPESIGAALASYAEKELLRKPSDHDHEP...

XP_057809375.1
MDKRLQPPPSPNCKRRQRRCEWVFRDVPSDLTIEVDAATFSLHKFPLISRCGRIRKLVALLRGDSEGCTIELGGLPGGAESFELAAQFCYGVNFEITAANAAHLYCAAHYLEMTEEYSKSNLAARAEEYLDSVVCKSLEMCVEVLRHCEDLLPLADDLRIVPRCIDAIASKACVEQIASSFSRLEYSSSGRLHMSRQSKGGGGGGDWWAEDLSVLRIDLYQRVIAAMKCRGVRPESIGAALASYAEKELLRKPSDHDHEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器