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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002158

染色体: Chr01 坐标: 37592991-37593703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002158
名称SmilChr01G002158
描述uncharacterized SmilChr01G002158
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37592991 - 37593703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023926
GeneID131023926
locus_tag-
NCBI NameLOC131023926
原始查询SmilChr01G002158

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc-ribbon domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841028]; symbol=AT1G44414; hit=AT1G44414; species=arabidopsis; confidence=medium
产物zinc-ribbon domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841028]; symbol=AT1G44414; hit=AT1G44414; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G44414 (AT1G44414)
zinc-ribbon domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841028]
identity=67.3; qcov=1.01; evalue=9.45e-46; confidence=medium
RiceOs05g0435400
-
identity=50; qcov=1.12; evalue=1.8e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF17032 (Zn_ribbon_15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023926

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057809565.1
2 Endosome 内体 0.80000 XP_057809565.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057809565.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057809565.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.40000 XP_057809565.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37593219 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A23
Chr1:37593219 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809565.1
100 aa
N
1
50
100
Zn_ribbon_15
C
PF17032 Zn_ribbon_15 23-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809565.1 Pfam PF17032 Zn_ribbon_15 Domain 23 97 2.8e-23 83.2 zinc-ribbon family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953582.1
TAAAAACAGAGAGAGGGAATTATTTTTAAAAATACTCCGTATTACTTTTTCCGTTTGGTTTCGGAAATGAAAAAAAAAAAGGGAAAATCTATTTAGTGATACGTCTAGAGGCATCCATGTCGAATGTAACTAGAACACTCCACCACTGCTTTTCTGATCCACCATAAAGAAATTGAAAAACAAAAAAACAGCAATTCGATCACGAAAATCGTTGTAAGACAAAGAAAAATGTTTTTCTTTTTCGTGGGAGAGTTGGGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023926
ATGTTTTTCTTTTTCGTGGGAGAGTTGGGGCAGCAGGCGAAGCAGGTACTGAAGAGCGGCGTCGGTCGCTGCATATCGTGCGGATCGCCGGCGGATCTCGTGGAGTACGAGAAAGTGCTGAAGGCCTTCTTCGTGCCGGTGTGGCGCTGGCCGGGGAAGGAGCCGCTCATGCACTGCAAGGACTGCAACCTCTTCTTCCCCCCGGAGAAGGAAGCCGTGGAGGCGGCTCTGAGGTGCCATTTCTGCTCTCGTCACGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809565.1
MFFFFVGELGQQAKQVLKSGVGRCISCGSPADLVEYEKVLKAFFVPVWRWPGKEPLMHCKDCNLFFPPEKEAVEAALRCHFCSRHVDASFRFCPYCGSGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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