Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002166`

染色体: Chr01 坐标: 37730171-37731070 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002166`
名称	SmilChr01G002166
描述	protein DELAY OF GERMINATION 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37730171 - 37731070 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023980`
GeneID	`131023980`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023980`
原始查询	`SmilChr01G002166`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DELAY OF GERMINATION 1-like
产物	protein DELAY OF GERMINATION 1-like
Arabidopsis	`AT3G14880` (AT3G14880) transcription factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820717] identity=33.1; qcov=0.961; evalue=8.04e-37; confidence=low
Rice	`Os01g0159000` (OsDOG1L-2) - identity=46.8; qcov=0.62; evalue=3.76e-32; confidence=medium
GO	GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF14144 (DOG1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809627.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057809627.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809627.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809627.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809627.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37730441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C77,C9
`Chr1:37730478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C77,C9
`Chr1:37730489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C77,C9
`Chr1:37730545`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B33,C35
`Chr1:37730560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C61
`Chr1:37730575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,C55,C71
`Chr1:37730610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B135,B56,B64,C55,C71
`Chr1:37730660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr1:37730691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:37730702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B56,C71
`Chr1:37730793`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C30
`Chr1:37730812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C64,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809627.1

255 aa

128

255

DOG1

PF14144 DOG1 29-101 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809627.1`	Pfam	`PF14144`	DOG1	Family	29	101	2.6e-25	89.1	Seed dormancy control

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953644.1
ATGGGAAAAGAGGAGCAAGAAAACTTCCAAGAATTCTACACAAAGTGGATAGGAGAGCAGCGGCAAGAGCTGGGGCGCCTCCTCCTGGCTTCCAAATCCTCCCATTCCCAAACCGACTCGCCGCTTCCGCTCTTAGTCTCCCGCTGTGTCGCGCACTACGAAAAATACTACAAAACCAAATCCAAATGCGCCAAGACCGACGCCCTCCTCCTCCTCTCGCCGCCCTGGATCAGCCAGCTCGAGGACGCCTTCATCTGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023980
ATGGGAAAAGAGGAGCAAGAAAACTTCCAAGAATTCTACACAAAGTGGATAGGAGAGCAGCGGCAAGAGCTGGGGCGCCTCCTCCTGGCTTCCAAATCCTCCCATTCCCAAACCGACTCGCCGCTTCCGCTCTTAGTCTCCCGCTGTGTCGCGCACTACGAAAAATACTACAAAACCAAATCCAAATGCGCCAAGACCGACGCCCTCCTCCTCCTCTCGCCGCCCTGGATCAGCCAGCTCGAGGACGCCTTCATCTGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809627.1
MGKEEQENFQEFYTKWIGEQRQELGRLLLASKSSHSQTDSPLPLLVSRCVAHYEKYYKTKSKCAKTDALLLLSPPWISQLEDAFIWVGGWRPTAAFHLLYSKSGLQLEAKFSGVGAFGVGPLDLSDLTAEQLGLIDKLQRSTVAEERRISEKVAKQQESVADAEMVELSQTSRAEDDGEGIIGRRIKSAIRVKEEGFQKVLQSADDLRLGTLKAVVGILSPIQAVHFLIAAGELHLSLHEWGRDKDERDTMQQST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器