Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002170`

染色体: Chr01 坐标: 37799636-37802183 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002170`
名称	SmilChr01G002170
描述	uncharacterized SmilChr01G002170
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37799636 - 37802183 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024039`
GeneID	`131024039`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024039`
原始查询	`SmilChr01G002170`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809630.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057809630.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809630.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809630.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809630.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37799765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr1:37799767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B126
`Chr1:37799777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	40	A13,A2,A5,B105,B11,B112,B120,B129,B16,B28,B33,B37,B50,B59,B66,B68,B8,B84,B86,B96,B97,C10,C2,C22,C28,C3,C30,C32,C35,C38,C56,C59,C64,C7,C71,C72,C76,C79,C81,C85
`Chr1:37799796`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B140,B20,B27,C60
`Chr1:37799817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,C12,C18,C75,C84
`Chr1:37799826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B24,B29,B56,B71,B97,C41,C85
`Chr1:37799837`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	24	A22,A24,B102,B111,B119,B131,B133,B137,B20,B21,B22,B34,B42,B60,B73,B79,B9,C19,C22,C32,C66,C74,D10,D11
`Chr1:37800623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr1:37800631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C57
`Chr1:37800653`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	B134,B139,B22,B50,B80,C23,C44,C46,C5,C62,C8,D10
`Chr1:37800655`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	B134,B139,B22,B50,B80,C23,C44,C46,C5,C62,C8,D10
`Chr1:37800668`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A8,B106,B130,B18,B47,B63,B79,B94,C52,C62,C65,C7,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953647.1
TCTTTTTCTCTCTCTCTCTCAAATTGTAAACAAACACAGATGGAGATAGCCGTCGTGCTTCCCCCTTCCCGCGGCGAAATCTCTCTCTCTGAAATTTCGCTGCTGCGGTTCTTCAGTGGCGTCAGTCGCTGCTTCTGAATCCGACGAGGCCCATTTGATGGCCATATCGCAAAACCCCATTTCAAAATTTTGAAAACCCTAAAATATGGAAAGTTGTTGCCTCGTCAGTGACGAAGGGCTGAAGGCAGTGGAGGAGCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024039
ATGCTTTTGAGTTATGCGGCTTATGCCTGCGCCTCCTCCATTCTTCTTCCTCCCTTCTTTTCCCAATTTCAATTCACCTCGCCGCGCCGTCCGCTGCAGCCGCTGTTTGCCACTGACCCGGAAACACCAGGTCAACCACTGTTGCACGCCGGCACCACCACGACACGACGCCTCCACTCGCGTCAGCCGCCGCCTAGAACTACCAGCTCGAGTCGCCGCCTCAGCCGCCACCACCTCCGGCCTCGGGCTCACTTCACCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809630.1
MLLSYAAYACASSILLPPFFSQFQFTSPRRPLQPLFATDPETPGQPLLHAGTTTTRRLHSRQPPPRTTSSSRRLSRHHLRPRAHFTPAFGRLSYHHQVHHHRLCLKLKMVKMMSKKTWIKLKHQILSMLKKSVTQMFRLYIYF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器