Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002187

染色体: Chr01 坐标: 37994108-37997497 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002187
名称SmilChr01G002187
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37994108 - 37997497 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024256
GeneID131024256
locus_tag-
NCBI NameLOC131024256
原始查询SmilChr01G002187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370
ArabidopsisAT5G35370 (AT5G35370)
S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833498]
identity=52.1; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0454900
-
identity=45.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00024 (PAN_1); PF00069 (Pkinase); PF01453 (B_lectin); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057809762.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809762.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809762.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809762.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809762.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37994942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:37994995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B50
Chr1:37995009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B64,C57
Chr1:37995018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:37995021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D7
Chr1:37995058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D7
Chr1:37995121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B64,B91,C57
Chr1:37995123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B47,C48,D7
Chr1:37995156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B47,C48,D7
Chr1:37995228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B138
Chr1:37995236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C74
Chr1:37995310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B119,B34,B37,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809762.1
878 aa
N
1
439
878
B_lectin
PAN_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01453 B_lectin 81-165 aa PF00024 PAN_1 375-411 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 518-750 aa PF00069 Pkinase 519-802 aa
XP_057809769.1
820 aa
N
1
410
820
B_lectin
PAN_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01453 B_lectin 23-107 aa PF00024 PAN_1 317-353 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 460-693 aa PF00069 Pkinase 461-744 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809762.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 81 165 5.4e-14 53.2 D-mannose binding lectin
XP_057809762.1 Pfam PF00024 PAN_1 Domain 375 411 0.00016 22.2 PAN domain
XP_057809762.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 518 750 7.2e-43 147.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809762.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 519 802 6.4e-48 164.2 Protein kinase domain
XP_057809769.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 23 107 4.9e-14 53.4 D-mannose binding lectin
XP_057809769.1 Pfam PF00024 PAN_1 Domain 317 353 0.00015 22.3 PAN domain
XP_057809769.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 460 693 6e-43 147.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809769.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 461 744 5.6e-48 164.3 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953786.1
CATTCGATTATATTTGTAGCAATTATTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTGTTGAAAAAATTGTAGCAACAGTTATTCTTATTTCATGTATTTCTTCCATTATTATCTATATATTTATTATTTAAAACAATATCTCATGCCGCAACGCCACAATTTCCTATTATTCCTCTTGTTTATTCAATTCGGGAAAGGCCAGCGTTTACAGTAACGCAACAACTCGACAGCAACAAATCTCAAATTCGTGGACAACTCCGGCGCGTTC...
XM_057953779.1
AGCAATTATTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTGTTGAAAAAATTGTAGCAACAGTTATTCTTATTTCATGTATTTCTTCCATTATTATCTATATATTTATTATTTAAAACAATATCTCATGCCGCAACGCCACAATTTCCTATTATTCCTCTTGTTTATTCAATTCGGGAAAGGCCAGCGTTTACAGTAACGCAACAACTCGACAGGTATTATTCATGCCCTTTACCTGTTCGATGTTTTGTCTCACCGAACTGGGATTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024256
ATGGATTTCTTGTTGTGTTTCTCTCTCATCACCATCCTCTCTCTTCATCTCTCTCTCGCATCCGCTGCTCTCTTCACAGAATTCTTATATCCAAATTTCACAGCAACAAATCTCAAATTCGTGGACAACTCCGGCGCGTTCTTGATCTCAAGCAATGGAGCGTTCAAGGCCGCCATGTTCAACCCCAGCGCGCAGCAGCTCCGCTTCTACCTCTGCGTCATCCACGCCGAGTCCAACGCCGTCACGTGGTCCGCCAACCG...
LOC131024256
ATGTTCAACCCCAGCGCGCAGCAGCTCCGCTTCTACCTCTGCGTCATCCACGCCGAGTCCAACGCCGTCACGTGGTCCGCCAACCGCGACGCGCCTCTCTCGAAGTCAGGGAGCATGACCCTCACCAGCGACGGCATCGCCATAACCGACGAGGGAGGAGGAGGGAGCCTCAAATGGTCCACTCCCCCCTTCCGGTCCCCAGTCTCCGCCTTGCAGCTGACGGACACCGGAAACCTCGTCCTTCTAGACCAGCGCAACGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809762.1
MDFLLCFSLITILSLHLSLASAALFTEFLYPNFTATNLKFVDNSGAFLISSNGAFKAAMFNPSAQQLRFYLCVIHAESNAVTWSANRDAPLSKSGSMTLTSDGIAITDEGGGGSLKWSTPPFRSPVSALQLTDTGNLVLLDQRNASLWESFRNPTDTLVMGQRLHAGTPLSSSVSPGDLSSGEYRLVLTASDAVLQWRNLTYWKMSMDVSVYVNSFSPVGFLEMNQSGLYLLGYDGGSSVVARLNLPVSGFRLAKIDQSG...
XP_057809769.1
MFNPSAQQLRFYLCVIHAESNAVTWSANRDAPLSKSGSMTLTSDGIAITDEGGGGSLKWSTPPFRSPVSALQLTDTGNLVLLDQRNASLWESFRNPTDTLVMGQRLHAGTPLSSSVSPGDLSSGEYRLVLTASDAVLQWRNLTYWKMSMDVSVYVNSFSPVGFLEMNQSGLYLLGYDGGSSVVARLNLPVSGFRLAKIDQSGQFTITSYSGAIRKQDFTMPVDECRVPLICGKIGLCSRGASADNHACSCPVGFRANPNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器