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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002199

染色体: Chr01 坐标: 38245597-38251792 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002199
名称SmilChr01G002199
描述oxysterol-binding protein-related protein 1C-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38245597 - 38251792 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014264
GeneID131014264
locus_tag-
NCBI NameLOC131014264
原始查询SmilChr01G002199

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oxysterol-binding protein-related protein 1C-like
产物oxysterol-binding protein-related protein 1C-like
ArabidopsisAT4G08180 (ORP1C)
OSBP(oxysterol binding protein)-related protein 1C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826368]
identity=77.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0704700
-
identity=77.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0015248 (GO:0015248); GO:0016020 (membrane); GO:0032934 (sterol binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00169 (PH); PF01237 (Oxysterol_BP); PF15413 (PH_11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014264

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057798163.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057798171.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057798163.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057798171.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798163.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38246058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B41,C60
Chr1:38246213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr1:38246363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B131,B2,B35,C61
Chr1:38251384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,C16,C72,D9
Chr1:38251451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798163.1
793 aa
N
1
396
793
PH
PH_11
Oxysterol_BP
C
PF00169 PH 86-214 aa PF15413 PH_11 92-212 aa PF01237 Oxysterol_BP 421-771 aa
XP_057798171.1
577 aa
N
1
288
577
Oxysterol_BP
C
PF01237 Oxysterol_BP 205-555 aa
XP_057798175.1
577 aa
N
1
288
577
Oxysterol_BP
C
PF01237 Oxysterol_BP 205-555 aa
XP_057798179.1
577 aa
N
1
288
577
Oxysterol_BP
C
PF01237 Oxysterol_BP 205-555 aa
XP_057798186.1
577 aa
N
1
288
577
Oxysterol_BP
C
PF01237 Oxysterol_BP 205-555 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798163.1 Pfam PF00169 PH Domain 86 214 8.5e-13 49.5 PH domain
XP_057798163.1 Pfam PF15413 PH_11 Domain 92 212 4.2e-12 47.1 Pleckstrin homology domain
XP_057798163.1 Pfam PF01237 Oxysterol_BP Family 421 771 5.8e-133 444.0 Oxysterol-binding protein
XP_057798171.1 Pfam PF01237 Oxysterol_BP Family 205 555 3.7e-133 444.7 Oxysterol-binding protein
XP_057798175.1 Pfam PF01237 Oxysterol_BP Family 205 555 3.7e-133 444.7 Oxysterol-binding protein
XP_057798179.1 Pfam PF01237 Oxysterol_BP Family 205 555 3.7e-133 444.7 Oxysterol-binding protein
XP_057798186.1 Pfam PF01237 Oxysterol_BP Family 205 555 3.7e-133 444.7 Oxysterol-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942180.1
GCCACGTTGCCACGTTGCTCCAATTACTTCTCCCACCCGTCACTCTCTCCACCCGCACCCACCCACCACCCACCCCCCAAAACCGCCGGCCGTGACCTAAATTTAAACGCCACCGCCACAAGTGCCAAGTCATCAATGCCACCGGAAAATTCTCTCTTGGCCCAATCCAATTCATCAAATTCTCTACGTACAAACACCATATATCCAAATCTAGTTAAATTTTTCTCCAAATTCCACCACCTAATTTCCTGCAGCTGAAT...
XM_057942203.1
CCTCAGACTGAGAAAGGATCGAGAGTGATTGGGGAGGATTCGATGAAGCGGTTGTCGCGTAAGTTTAGCGGTCTTCATCGCAGGACTGGGAGCTGGGGGTCCGTGAAAGGCAGGAAGCCTGTTGGAGAAGTTCATTTGAAGATTAGTCTTTCGGATTTGTGGCCTCATTTTGGAAACATCCTGGCACGTTTAATTTAAGTGAAATTGATATACTGTATTTTGGTATGGCTAATCAAATTCTATTCTTTTTCTTTGTTGAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131014264
ATGCATCCTTTCTGCTGCGTCACATCGATGAGCATCCACACCAACTCCGACTTGCCGCCGCCGCCGCCTCCTCTGCCGTCGGCGGCCGATCCGGTCATCGGCAGGAGCCTGAGTGCCGGGAGGGCTCTTTCGTCGCGTGATTCGCTGCTGGATCATGGCTATTCGTTCAATAGTAATATCTTCAGCCGTAGCCAAAGCCAGAATTACAACCACCACAGCCGTGACCTGAAGATCAATGACATAGTGGGGAATGGAATTTC...
LOC131014264
ATGTTCCCAAGGATGTCAAATAGTGAGTTAATGGCTCCTATTGACAATTTAACTGTCTCAACAGAAAGGTTGAGGCAGAAATTGTTGGAAGAAGGTTTGAGTGAGTCTGCGATTGAGGAGAGTGAGCAGATAATGAAGAGCGAATTTGCATCACTGCAAAATCAGTTCAGACTCTTAAGCCAGAAATATTGGCTCCTTACAGATACACTCCGACAGCTAGAGACAGAAAAGGTAGATCTGGAGAATACGGTTGTAGACGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057798163.1
MHPFCCVTSMSIHTNSDLPPPPPPLPSAADPVIGRSLSAGRALSSRDSLLDHGYSFNSNIFSRSQSQNYNHHSRDLKINDIVGNGISGILHKWVNYGKGWRPRWFVLQDGVLSYYKISGPDRINPQTEKGSRVIGEDSMKRLSRKFSGLHRRTGSWGSVKGRKPVGEVHLKVSTIRESRSDDRRFSIFTGTKRLHLRADSAEDRAAWLEALEAVKDMFPRMSNSELMAPIDNLTVSTERLRQKLLEEGLSESAIEESEQI...
XP_057798171.1
MFPRMSNSELMAPIDNLTVSTERLRQKLLEEGLSESAIEESEQIMKSEFASLQNQFRLLSQKYWLLTDTLRQLETEKVDLENTVVDESQRQFKDVGASSRSKDKYSGSATESEDENERADVVEEDSDEEENTFFDTRDFLSSSSFKSNGSDFRTSSFSSDDDDELNDFEAEDSIEPAIKSAGTNFAHVKRRKKLPDPVEKEKGVSLWSMIKDNIGKDLTKVCLPVYFNEPLSSLQKCFEDLEYSYLLDRANEWGKKGNSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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