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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002202`

染色体: Chr01 坐标: 38323882-38326237 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002202`
名称	SmilChr01G002202
描述	uncharacterized SmilChr01G002202
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	38323882 - 38326237 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007831`
GeneID	`131007831`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007831`
原始查询	`SmilChr01G002202`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=23.6; qcov=0.425; evalue=7.83e-13; confidence=weak
Rice	`Os03g0643433` - identity=26.7; qcov=1.01; evalue=3e-51; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790730.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057790730.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057790730.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790730.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790730.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:38323982`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C28
`Chr1:38323982`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C28
`Chr1:38323996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B53
`Chr1:38324022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr1:38324026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr1:38324082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B57,B89
`Chr1:38324132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr1:38324167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr1:38324174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	186	A11,A14,A15,A16,A18,A2,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B10,B100,B103,B104,B105,B106,B11,B110,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B14,B140,B16,B17,B18,B20,B22,B23,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B34,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B65,B66,B68,B69,B70,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B85,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C43,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C57,C58,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C75,C76,C78,C79,C8,C82,C85,C87,C9,D10,D11,D3,D4,D7,D9
`Chr1:38324293`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B40,B62
`Chr1:38324295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr1:38324296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B40,B62,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790730.1

650 aa

325

650

RVT_1

zf-RVT

PF00078 RVT_1 31-193 aa PF13966 zf-RVT 452-546 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790730.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	31	193	2.7e-24	86.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057790730.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	452	546	2e-14	54.7	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934747.1
ATGCGAAGAGCCGACTTGAGCTTGGTACTTCAGGAGTTTTTTAGAAACGGGAAGATCCCTCGGGGAGGAAATTCCTCCTTCATCGTCTTGATCCCTAAAACTAATGATGCTACCTCGCTCAATGACTTCAGACCAATCTCACTGATCAGTAGCCTCTACAAGATCGTCGCCAAGATCCTCGCGGGAAGGATTAGCGAAGTTATAGCCTCGATCATCTCCGAGAGTCAGAGTGCTTTTGTCAGAGACAGATTTATCTTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007831
ATGCGAAGAGCCGACTTGAGCTTGGTACTTCAGGAGTTTTTTAGAAACGGGAAGATCCCTCGGGGAGGAAATTCCTCCTTCATCGTCTTGATCCCTAAAACTAATGATGCTACCTCGCTCAATGACTTCAGACCAATCTCACTGATCAGTAGCCTCTACAAGATCGTCGCCAAGATCCTCGCGGGAAGGATTAGCGAAGTTATAGCCTCGATCATCTCCGAGAGTCAGAGTGCTTTTGTCAGAGACAGATTTATCTTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790730.1
MRRADLSLVLQEFFRNGKIPRGGNSSFIVLIPKTNDATSLNDFRPISLISSLYKIVAKILAGRISEVIASIISESQSAFVRDRFILDGVVILNEVISEAKKTGEGRLIFKIDFAKAFDSVEWDFVDVMLQQFNFAPTWRKWIRGCLSSASANVLVNGSPSGEFDLERGLRQGDPLSPFLFLIVAEGLHALIEGATVRGLIQPAEFMSGLAVNFNKSSLMGVGVEEAQLERLALDLNCKVGSFPFKYLGIKVGGRLKSVVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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