Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002207`

染色体: Chr01 坐标: 38410998-38414939 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002207`
名称	SmilChr01G002207
描述	protein terminal ear1 homolog
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	38410998 - 38414939 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007868`
GeneID	`131007868`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007868`
原始查询	`SmilChr01G002207`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein terminal ear1 homolog
产物	protein terminal ear1 homolog
Arabidopsis	`AT1G37140` (MCT1) MEI2 C-terminal RRM only like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840631] identity=44; qcov=0.771; evalue=7.53e-37; confidence=medium
Rice	`Os01g0907900` (PLA2) - identity=41.1; qcov=0.693; evalue=2.45e-31; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF04059 (RRM_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790766.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057790766.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790766.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790766.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790766.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:38411079`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B117,B121,B70,C65
`Chr1:38411079`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B117,B121,B70,C65
`Chr1:38414699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:38414719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B38,B39,C23
`Chr1:38414735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:38414742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,C3,C48,C56,D7
`Chr1:38414815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790766.1

218 aa

109

218

RRM_2

PF04059 RRM_2 77-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790766.1`	Pfam	`PF04059`	RRM_2	Family	77	182	1.6e-24	86.6	RNA recognition motif 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934783.1
ATGCCTTACCTTCACATCGTCTACCACTCTACTCCCTTCTCTTTTCAGCCGCCGCCGCTTCCCCTCCACGGCGAGGAGAAGGTGGAGACTCCGATCATTGAAGGCGGATCAAAATTAGTTGTGCCGGAAAAGTTGAGAGCGCCGCCGCGACGGTGGGAGTGGAAGCCGAGGAAGGCAGTGGGTGGCGCCGCCGCCTCACCTATGATTGAAGAGGTTTCATACTCATCAAGAACGACAGTTATGGTGAAAAACATTCCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007868
ATGCCTTACCTTCACATCGTCTACCACTCTACTCCCTTCTCTTTTCAGCCGCCGCCGCTTCCCCTCCACGGCGAGGAGAAGGTGGAGACTCCGATCATTGAAGGCGGATCAAAATTAGTTGTGCCGGAAAAGTTGAGAGCGCCGCCGCGACGGTGGGAGTGGAAGCCGAGGAAGGCAGTGGGTGGCGCCGCCGCCTCACCTATGATTGAAGAGGTTTCATACTCATCAAGAACGACAGTTATGGTGAAAAACATTCCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790766.1
MPYLHIVYHSTPFSFQPPPLPLHGEEKVETPIIEGGSKLVVPEKLRAPPRRWEWKPRKAVGGAAASPMIEEVSYSSRTTVMVKNIPNQIRRDFMMEFLDSYCNAHSLEYDFMYLPMDFRSKDNLGYAFVNFTNGRNASEFRKIVHGYKWGTIETAKGFYNSKKICAITWARIQGKEKLVKRFENSIFGCDDPDFLPVVFHPPRGGSNTTSPVVVGMTM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器