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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002218

染色体: Chr01 坐标: 38501470-38502275 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002218
名称SmilChr01G002218
描述uncharacterized SmilChr01G002218
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38501470 - 38502275 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014446
GeneID131014446
locus_tag-
NCBI NameLOC131014446
原始查询SmilChr01G002218

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述myotubularin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840603]; symbol=AT1G36940; hit=AT1G36940; species=arabidopsis; confidence=low
产物myotubularin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840603]; symbol=AT1G36940; hit=AT1G36940; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G36940 (AT1G36940)
myotubularin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840603]
identity=36; qcov=1.16; evalue=3.12e-19; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014446

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057798412.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057798412.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057798412.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798412.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798412.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38501781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942429.1
GACCGAGCCCTCCCTTTGAATTGACCTTCTCTCCATTTCACTTCACTTCTCAGAAACAGGCATTTCACACTCACAAACGAGACAATCACACACACACACATATATATATATATATCTGAAATTAGAGAGAGAGAGAGTAAAAGTAAAAGAAATTAAGATGGGAAGCGTACACGAGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCTCCTCCATCACAAAACCATCTTCATACCTCTCTTCTGCCGCTTATCTCTGAAAGACATAAAGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014446
ATGGGAAGCGTACACGAGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCTCCTCCATCACAAAACCATCTTCATACCTCTCTTCTGCCGCTTATCTCTGAAAGACATAAAGCGGCATTCGGCTCCCTCCGACGAGCCATCCTCCCCTAAAGTGAGCTGCATGGGCCAAGTCAAGAAGAGAAGCAACCGCGTCGCCCCAACCCCAAACCACACCTACTCCAAGCTCAAGAAGCTCTTCTCTTCCAAAGCCCTCCTGCCCGCCAAGACCAACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798412.1
MGSVHERRQQQQLLHHKTIFIPLFCRLSLKDIKRHSAPSDEPSSPKVSCMGQVKKRSNRVAPTPNHTYSKLKKLFSSKALLPAKTNDFKKDCDAEVVDVAELDPPLPVLKKEAAAPNLWKRRFNGAALKTLQIEIVSVAPTVSTDQFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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