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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002232

染色体: Chr01 坐标: 38799005-38801879 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002232
名称SmilChr01G002232
描述proteasome subunit alpha type-4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38799005 - 38801879 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014558
GeneID131014558
locus_tag-
NCBI NameLOC131014558
原始查询SmilChr01G002232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述proteasome subunit alpha type-4-like
产物proteasome subunit alpha type-4-like
ArabidopsisAT3G22110 (PAC1)
20S proteasome alpha subunit C1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821774]
identity=83.1; qcov=1; evalue=3.69e-160; confidence=high
RiceOs06g0167600
-
identity=78; qcov=1.01; evalue=9.8e-151; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0005839 (proteasome core complex); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0019773 (proteasome core complex, alpha-subunit complex)
KEGGsmil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00227 (Proteasome); PF10584 (Proteasome_A_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014558

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798554.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798554.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798554.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798554.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798554.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798554.1
248 aa
N
1
124
248
Proteasome_A_N
Proteasome
C
PF10584 Proteasome_A_N 5-27 aa PF00227 Proteasome 30-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798554.1 Pfam PF10584 Proteasome_A_N Family 5 27 1.7e-13 50.6 Proteasome subunit A N-terminal signature
XP_057798554.1 Pfam PF00227 Proteasome Domain 30 215 1.4e-59 201.6 Proteasome subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942571.1
CTTTAATATTATATGCGTTGTCTCGTAATTTAAATCGCAATTCGATTGTAAATCGGGCTGATCAGGCTAGTCCGTTTGGACTGGTGGGTTAAAGTGGGCCAGCCCGGCGGGTTACTGAAATTGAAAAAAAAAATCGAAATTGAAATCAGATTTTAGGGGTTGCTTCAGCGTTCAGCGCGCCTCTTTTCCATTCTTCCTTGAGATTTTAGGGTCACTCTGCATCTGCCGCCGTTTGCCACCGACCCGGCACCACCTCCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014558
ATGTCTCGAAGATATGATAGCCGTACAACAATCTTTTCCCCGGAAGGGCGCCTCTACCAAGTTGAGTACGCGATGGAAGCTATTGGAAATGCTGGGAGTGCTATTGGGATTCTGGCTAAAGATGGAGTTGTGTTAGTCGGTGAAAAGAAGGTCATATCCAAACTACTTGAGACCTCCACATCAGTCGAGAAGATGTACAAGATTGATGACCATGTGGCGTGTGCTGTGGCTGGGATCATGTCTGATGCCAATATCCTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798554.1
MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGNAGSAIGILAKDGVVLVGEKKVISKLLETSTSVEKMYKIDDHVACAVAGIMSDANILINSARLQAQRYTFAYQEPMPLEQLVQSLCDTKQGYTQYGGLRPFGVSFLFAGWDKNYGFQLYMSDPSGNFSGWKAAAIGANNQAAQSILKQDYKDDITREEAVHLAIKVLSKTMDSTSLNSEKLELAEIFLSAGKVKFQMYPSDKVDKMLVKSGLTQPSADS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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