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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002250

染色体: Chr01 坐标: 39124182-39124853 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002250
名称SmilChr01G002250
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向39124182 - 39124853 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007961
GeneID131007961
locus_tag-
NCBI NameLOC131007961
原始查询SmilChr01G002250

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=26; qcov=0.691; evalue=1.09e-13; confidence=low
RiceOs08g0225900
-
identity=28.2; qcov=0.762; evalue=1.76e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007961

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790855.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790855.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790855.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790855.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:39124205 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B23,B88,C11,C69,D8
Chr1:39124205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B88,C11,C69,D8
Chr1:39124208 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:39124226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C26
Chr1:39124240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,C47,C59
Chr1:39124269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:39124294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B54,C47
Chr1:39124299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C13
Chr1:39124303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C45
Chr1:39124322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B55,B79
Chr1:39124326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:39124332 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A4,B128,B36,B88,B97,C35,C4,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934872.1
ATGGATCGTGAATTCGATGAATACATGGAGCAACAAGGCGGATCGAGGGTTCCAATGATGGAGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCGAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCTACGCCGGCGGCGAACGCCAACGTTCAAGAAGAGCCGGAGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTGCATATTCTAGCGAGGAAACCGAGCTCGTGGCAATATTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCAATTTTGGGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007961
ATGGATCGTGAATTCGATGAATACATGGAGCAACAAGGCGGATCGAGGGTTCCAATGATGGAGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCGAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCTACGCCGGCGGCGAACGCCAACGTTCAAGAAGAGCCGGAGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTGCATATTCTAGCGAGGAAACCGAGCTCGTGGCAATATTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCAATTTTGGGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790855.1
MDREFDEYMEQQGGSRVPMMEFAPFSQASNVLATGNVPTPAANANVQEEPEEVKPKAKGTRAAYSSEETELVAILWAEATHNPILGTSQKLLQYWGAIAEKFNALNTSGAPPRKPDHLKSHFARVQKETKFFEGFYNTCKDNWGSGMSDDQIFQQAQTMFEANFKKQFSYVKAWKVLRDCQRFTSQAGDVHSAKKSKGSDGEATTTSSELSVTARPQGQKAAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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