当前解析结果
SmilChr01G002269| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002269 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002269 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G002269 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 39462288 - 39464277 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014914 |
|---|---|
| GeneID | 131014914 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014914 |
| 原始查询 | SmilChr01G002269 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Tmem18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840336]; symbol=AT1G34350; hit=AT1G34350; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Tmem18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840336]; symbol=AT1G34350; hit=AT1G34350; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G34350 (AT1G34350)Tmem18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840336] identity=69.9; qcov=1; evalue=3.81e-82; confidence=high |
| Rice | Os05g0432500 (OsTMEM18)- identity=54; qcov=1; evalue=4.51e-67; confidence=high |
| GO | GO:0031965 (nuclear membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14770 (TMEM18) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014914 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057799063.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057799063.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057799063.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799063.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799063.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:39462509 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:39462692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr1:39462728 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr1:39464052 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799063.1PF14770
TMEM18 39-156 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799063.1 |
Pfam | PF14770 |
TMEM18 | Family | 39 | 156 | 2e-47 | 160.7 | Transmembrane protein 18 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。