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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002269

染色体: Chr01 坐标: 39462288-39464277 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002269
名称SmilChr01G002269
描述uncharacterized SmilChr01G002269
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向39462288 - 39464277 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014914
GeneID131014914
locus_tag-
NCBI NameLOC131014914
原始查询SmilChr01G002269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tmem18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840336]; symbol=AT1G34350; hit=AT1G34350; species=arabidopsis; confidence=high
产物Tmem18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840336]; symbol=AT1G34350; hit=AT1G34350; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G34350 (AT1G34350)
Tmem18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840336]
identity=69.9; qcov=1; evalue=3.81e-82; confidence=high
RiceOs05g0432500 (OsTMEM18)
-
identity=54; qcov=1; evalue=4.51e-67; confidence=high
GOGO:0031965 (nuclear membrane)
KEGG-
PfamPF14770 (TMEM18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014914

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057799063.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057799063.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057799063.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799063.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799063.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:39462509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:39462692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:39462728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr1:39464052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799063.1
163 aa
N
1
82
163
TMEM18
C
PF14770 TMEM18 39-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799063.1 Pfam PF14770 TMEM18 Family 39 156 2e-47 160.7 Transmembrane protein 18

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943080.1
AAATTCCCAATCCTGAGCCCTAATTTTGAAGCAAACCTTTTCTTCTCGAAAACGTCAGCGTTTTCAGCGTGCGAGACGAGAACTTTCTACTACGATCTACCAATAATAGCCCAGCACTCACCTAAGTTGAGGCTGAAGTTGAAATCTTTTTGGTGCAAAAATCACATCTAGATTCCAATTTCAATAGTTTGGGGGTGAAATTCAAGGAAGATATTTGCGATGGAGGAGCTGCAATCTGCGGTTAATGCTCACTTTGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014914
ATGGAGGAGCTGCAATCTGCGGTTAATGCTCACTTTGATCAAATGGCAGATCTGGTGGAGAAGCTCTCAGCAGAATTCCGTTCCGGGCTCAAACCCGCTTACGAAAATTTCATGGGTTTCTTCCACGCCATTGATTGGAAGGAACCTTGGTTGATATCTCTTCTTTCCTTCCACGTGATCTTGCTAGTAGTAGTTTTCGCATCACGGAGAAACATCAACTTTCAGATGTTTTTGTTCCTTCTTGCATTAGGGGGGGTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799063.1
MEELQSAVNAHFDQMADLVEKLSAEFRSGLKPAYENFMGFFHAIDWKEPWLISLLSFHVILLVVVFASRRNINFQMFLFLLALGGVYLAERLNHILASNWKSFAGQNYFDSNGIFLSVLWSGPLLVIAIIILVNTLFSLCHLIVRWKRAELKHRARAARSKEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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