Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002294

染色体: Chr01 坐标: 39776189-39776968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002294
名称SmilChr01G002294
描述glutathione S-transferase T2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向39776189 - 39776968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008022
GeneID131008022
locus_tag-
NCBI NameLOC131008022
原始查询SmilChr01G002294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T2-like
产物glutathione S-transferase T2-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=26.1; qcov=0.931; evalue=1.6e-10; confidence=low
RiceOs08g0561000 (P0604E01.25)
-
identity=27; qcov=0.672; evalue=2.47e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14303 (NAM-associated)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790911.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790911.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790911.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790911.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790911.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:39776251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:39776259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B117,B55,B86,C53
Chr1:39776276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B135,B140
Chr1:39776282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B3,C74,D8
Chr1:39776323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B67,B90,C79
Chr1:39776324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,C39,D3
Chr1:39776335 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 B1,B109,B122,B128,B13,B2,B36,B59,B71,B91,C17,C38,C66,C70,C79,C8
Chr1:39776352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C34
Chr1:39776357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr1:39776425 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A25,A7,B1,B112,B115,B12,B121,B13,B131,B134,B14,B15,B18,B21,B22,B24,B26,B27,B30,B32,B4,B47,B48,B50,B51,B61,B67,B70,B79,B82,B87,C19,C29,C31,C42,C49,C50,C52,C57,C64,C66,C70,C83,D11,D9
Chr1:39776448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:39776455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B96,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790911.1
259 aa
N
1
130
259
NAM-associated
C
PF14303 NAM-associated 104-234 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790911.1 Pfam PF14303 NAM-associated Family 104 234 1.8e-06 29.6 No apical meristem-associated C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934928.1
ATGTCATCTTGGATCTATGCTAGCGAAGATAGCGTTCGAGGAAAAAGTCAAAGAGGAGAATCGCTTTGGGCACGTATTCATAAATTGTATCACAACACTCAAGCAGAAAATCCAAATGAGCTCAATGAACGCAACATTGAATCGATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACAAAAATGGAAACAAATGGGTTGCTGTTTGTAGGGAAGCAAATGCTCGAAGAAGGAGTGGAATGAGCGACAATGATGTTGAGAAAGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008022
ATGTCATCTTGGATCTATGCTAGCGAAGATAGCGTTCGAGGAAAAAGTCAAAGAGGAGAATCGCTTTGGGCACGTATTCATAAATTGTATCACAACACTCAAGCAGAAAATCCAAATGAGCTCAATGAACGCAACATTGAATCGATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACAAAAATGGAAACAAATGGGTTGCTGTTTGTAGGGAAGCAAATGCTCGAAGAAGGAGTGGAATGAGCGACAATGATGTTGAGAAAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790911.1
MSSWIYASEDSVRGKSQRGESLWARIHKLYHNTQAENPNELNERNIESMKGRWKRLNKNGNKWVAVCREANARRRSGMSDNDVEKEAHSIYEAGGNKLVVFNEVMSKHPKWNVHDTTHVFHRQSEDVDDQQSGGSSKRSKTSEDGGFSISSNPETPTSEQSIATRPTGRDKAKRKGKVKVSQSECTHESVVAVEIHAMRLTIDVEAELIKTRIELEREKLQRNAMKMKENMLLQLLAKEHLSPEDEEMKRQLTKIVFGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器