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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002305`

染色体: Chr01 坐标: 39941461-39945686 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002305`
名称	SmilChr01G002305
描述	uncharacterized SmilChr01G002305
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39941461 - 39945686 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008050`
GeneID	`131008050`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008050`
原始查询	`SmilChr01G002305`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=27.7; qcov=0.345; evalue=8.66e-44; confidence=low
Rice	`Os11g0672600` - identity=28.7; qcov=0.39; evalue=4.33e-53; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008050

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790938.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790938.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057790938.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790938.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790938.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39941462`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A13,B120,B129,B136,B45,B51,B52,B64,B79,C15,C31
`Chr1:39941465`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A13,B120,B129,B136,B45,B51,B52,B64,B79,C15,C31
`Chr1:39941471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,D10
`Chr1:39941481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:39941499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B129,B136,B45,C31
`Chr1:39941508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:39941524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr1:39941527`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B136
`Chr1:39941527`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B136
`Chr1:39941530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:39941532`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	93	A10,A15,A22,A24,A25,A8,A9,B100,B101,B103,B106,B110,B115,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B13,B134,B135,B17,B2,B20,B22,B27,B29,B30,B32,B33,B37,B39,B41,B44,B45,B47,B51,B52,B53,B54,B56,B57,B60,B62,B65,B66,B68,B77,B8,B81,B88,B9,B96,B99,C1,C12,C13,C14,C16,C17,C22,C24,C26,C28,C3,C30,C31,C39,C40,C43,C45,C47,C48,C49,C5,C52,C53,C54,C58,C59,C60,C63,C72,C74,C76,C77,C78,C85,C9,D4,D7,D8
`Chr1:39941536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790938.1

1245 aa

622

1245

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 497-632 aa PF13966 zf-RVT 865-938 aa PF13456 RVT_3 1068-1188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790938.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	497	632	5.8e-15	56.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057790938.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	865	938	4.3e-14	53.6	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057790938.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1068	1188	3.2e-16	60.1	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934955.1
ATGAGTCTGAATATTTGGATGCTTTCTCACCCGGATGTTACTGTTAATATGGTGTTTTGCTCTGAGCAGGTGATTATTTCAGATTGCAGTTGGCAGAATCTGGTCTTCCGAATTGGGATCATCCATGGGGCTAACTGTCATATACAACGTCGTTTTTTGTGGCTCTATCTTCTCAGCTATATGGACAGCAACACGGTCTTTATAGGTGACTTCAATGCCGTCAAGGGTGCTCATGAGCGTATCAGTTCTTGTAGACCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008050
ATGAGTCTGAATATTTGGATGCTTTCTCACCCGGATGTTACTGTTAATATGGTGTTTTGCTCTGAGCAGGTGATTATTTCAGATTGCAGTTGGCAGAATCTGGTCTTCCGAATTGGGATCATCCATGGGGCTAACTGTCATATACAACGTCGTTTTTTGTGGCTCTATCTTCTCAGCTATATGGACAGCAACACGGTCTTTATAGGTGACTTCAATGCCGTCAAGGGTGCTCATGAGCGTATCAGTTCTTGTAGACCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790938.1
MSLNIWMLSHPDVTVNMVFCSEQVIISDCSWQNLVFRIGIIHGANCHIQRRFLWLYLLSYMDSNTVFIGDFNAVKGAHERISSCRPNYTVCQDFKDFIEATFFIEAPTTGLKFTWSGRRFMPRHVESILDRALYSEDFAKLWGSVHAHVLPHITSDHSPLILKCQNPTTQHQNFFKFLNMWILHPDFHEVVRNSWNQDYDTTCPIFRVMAKLKRLKHVLKDWNKNTFRKVDIMLADFQQELLEIQQIISRDGYTEDLFTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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