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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002324

染色体: Chr01 坐标: 40313988-40325243 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002324
名称SmilChr01G002324
描述deSI-like protein At4g17486
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40313988 - 40325243 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015411
GeneID131015411
locus_tag-
NCBI NameLOC131015411
原始查询SmilChr01G002324

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述deSI-like protein At4g17486
产物deSI-like protein At4g17486
ArabidopsisAT5G47310 (AT5G47310)
PPPDE putative thiol peptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834778]
identity=49.1; qcov=1.03; evalue=7.23e-75; confidence=high
RiceOs04g0548000
-
identity=56.7; qcov=0.789; evalue=1.96e-74; confidence=high
GOGO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0101005 (deubiquitinase activity)
KEGG-
PfamPF05903 (Peptidase_C97)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799780.1
2 Endosome 内体 0.20000 XP_057799780.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057799780.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799780.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799780.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40323826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799780.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799788.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799796.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799806.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799815.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799823.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799832.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799839.1
229 aa
N
1
114
229
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
XP_057799847.1
228 aa
N
1
114
228
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 28-159 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799780.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799788.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799796.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799806.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799815.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799823.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799832.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799839.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain
XP_057799847.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 28 159 1.1e-46 159.2 PPPDE putative peptidase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943864.1
TGATTTGGGTGTGGTAGAGTTGTAGGTTGCTAATAAAATTTCCCATTACAAATGGTGATGAATGTTTATTTTACAGGCGCAAGTTATCTTCATGCACCTCTCAATACACGTCTCTGCGTTTCAATTCCCTCTCTACTCACCTCGCCGATTTCCGTCGTTGCCTTCCGGCAGAGAACAGTTGCTGCGGCCGTTTTCCTCTCCCCGGAGTTCTTCTTAGCCTCTGCCGCCATCCATCGTCCAATGCCGCATTTAGGAGACGA...
XM_057943856.1
GATTTGGGTGTGGTAGAGTTGTAGGTTGCTAATAAAATTTCCCATTACAAATGGTGATGAATGTTTATTTTACAGGCGCAAGTTATCTTCATGCACCTCTCAATACACGTCTCTGCGTTTCAATTCCCTCTCTACTCACCTCGCCGATTTCCGTCGTTGCCTTCCGGCAGAGAACAGTTGCTGCGGCCGTTTTCCTCTCCCCGGAGTTCTTCTTAGCCTCTGCCGCCATCCATCGTCCAATGCCGCATTTAGGAGACGAT...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131015411
ATGCAATTGTTTCCATTTTCATCCTGCTTACATAGATCACATGCCGAACAGACTGATGTAGAGAAAAATCAAGCGATGCTGTTCCTAAATGTATATGACCTCACTCCTGCTAACAACTATCTTTATTGGTTTGGACTTGGATTCTACCACTCGGGTATAGAAGTACACGGCTTGGAGTATGCCTTTGGAGCTGATGTGGAACCAACAACTGGAGTATTTGAGGTTGAACCAAGAAATTGCCCTGGTTATGTCTTTAGGCG...
LOC131015411
ATGCAATTGTTTCCATTTTCATCCTGCTTACATAGATCACATGCCGAACAGACTGATGTAGAGAAAAATCAAGCGATGCTGTTCCTAAATGTATATGACCTCACTCCTGCTAACAACTATCTTTATTGGTTTGGACTTGGATTCTACCACTCGGGTATAGAAGTACACGGCTTGGAGTATGCCTTTGGAGCTGATGTGGAACCAACAACTGGAGTATTTGAGGTTGAACCAAGAAATTGCCCTGGTTATGTCTTTAGGCG...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057799780.1
MQLFPFSSCLHRSHAEQTDVEKNQAMLFLNVYDLTPANNYLYWFGLGFYHSGIEVHGLEYAFGADVEPTTGVFEVEPRNCPGYVFRRSILLGSTDMSRSEICSFMDLISDQYQGNTYNLIYKNCNHFTDEVCHCLTGKRIPGWVNRLARIGSFIESVLPESAQTTPLRHFPESHFPESQMYSVDGSDSDASSATEESEMEDVDRHVLISSHGNVGLSDRPQMRLAKDRL
XP_057799788.1
MQLFPFSSCLHRSHAEQTDVEKNQAMLFLNVYDLTPANNYLYWFGLGFYHSGIEVHGLEYAFGADVEPTTGVFEVEPRNCPGYVFRRSILLGSTDMSRSEICSFMDLISDQYQGNTYNLIYKNCNHFTDEVCHCLTGKRIPGWVNRLARIGSFIESVLPESAQTTPLRHFPESHFPESQMYSVDGSDSDASSATEESEMEDVDRHVLISSHGNVGLSDRPQMRLAKDRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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