Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002325`

染色体: Chr01 坐标: 40326715-40330875 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002325`
名称	SmilChr01G002325
描述	nudix hydrolase 8-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40326715 - 40330875 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015454`
GeneID	`131015454`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015454`
原始查询	`SmilChr01G002325`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nudix hydrolase 8-like
产物	nudix hydrolase 8-like
Arabidopsis	`AT5G47240` (NUDT8) nudix hydrolase homolog 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834771] identity=56.9; qcov=0.994; evalue=1.85e-144; confidence=high
Rice	`Os04g0547900` - identity=64.8; qcov=0.756; evalue=1.15e-131; confidence=high
GO	GO:0035529 (NADH pyrophosphatase activity); GO:0047631 (ADP-ribose diphosphatase activity); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF00293 (NUDIX); PF18290 (Nudix_hydro)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015454

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799859.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057799859.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799859.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799859.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799859.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40328777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C87
`Chr1:40330399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799859.1

357 aa

178

357

Nudix_hydro

NUDIX

PF18290 Nudix_hydro 93-171 aa PF00293 NUDIX 184-300 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799859.1`	Pfam	`PF18290`	Nudix_hydro	Domain	93	171	1.1e-30	106.1	Nudix hydrolase domain
`XP_057799859.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	184	300	3.2e-20	73.2	NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943876.1
AATCTGACACCACAAACTAGAGACCCCGGCCCCACTATCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACATGGATTGCAGATATCTGTTTTCGTTGTGCTTGCCAATACCAATTGCCATATTTAAAACCCAGAGCAAAACATCCATTCTCTTCATTTTCTATATTTTCACACCCCATTATTATGTGTTCCTTAGTTATTCCCGAAAGGTGAAGAATCCCAAGAAGATTTCTTGTTTTCAAGCAACTTCGAGGGATTTTCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015454
ATGGAGTTGACGCTGTTGGGTTCCAAGTCATTGTCCTCCACCTCAGATATGATGCTTTCACGCCCTTTTCTTAACCCCACGCATTTATTCAAATCCAGTCCCCAGCTTCATTCTCGCAGAGGCCTTTCTCCGAAGGGTTCATACTCAAGTACTTCGCCTAATGAAGCCACCATTTCGGCTAGCAAAAACCATCTTCATCTAGACTCTTATTCGCGTAGAATCAATGGAGCAAGCGCCTCAAGTTGTAGCCCATTCCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799859.1
MELTLLGSKSLSSTSDMMLSRPFLNPTHLFKSSPQLHSRRGLSPKGSYSSTSPNEATISASKNHLHLDSYSRRINGASASSCSPFLKKDKVLDAFDDEYEGVVVNPEQLPSNPHVFASALRSSIHHWKLKGKKGVWLKLPVERSELVPLAIQEGFEYHHAERSYVMMTYWIPDGPSLLPSNASHHVGVGSFVINDKDEVLVVQEKHCAPDLLHLWKIPTGFILESEEIYTGAVREVKEETGIDTEFVEVVAFRHAQNVSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器