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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002327

染色体: Chr01 坐标: 40413969-40414977 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002327
名称SmilChr01G002327
描述ethylene-responsive transcription factor 5-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40413969 - 40414977 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015473
GeneID131015473
locus_tag-
NCBI NameLOC131015473
原始查询SmilChr01G002327

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor 5-like
产物ethylene-responsive transcription factor 5-like
ArabidopsisAT5G47230 (ERF5)
ethylene responsive element binding factor 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834770]
identity=44.8; qcov=0.924; evalue=3.98e-43; confidence=medium
RiceOs04g0547600 (OsERF#094)
-
identity=75.3; qcov=0.386; evalue=1.25e-32; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015473

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799881.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799881.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799881.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799881.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057799881.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40414206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:40414229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:40414261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C23,D7
Chr1:40414394 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B84
Chr1:40414394 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B84
Chr1:40414565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B8
Chr1:40414654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799881.1
210 aa
N
1
105
210
AP2
C
PF00847 AP2 95-146 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799881.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 95 146 3.4e-16 60.0 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943898.1
ACTTGCTCAAAGTTTCGCAAAAGATTTGACCAGACCAAGCACCCCATCATCATATATATACACACACAATTTCCACACTCTCATCCACACTCAATAATCCTATTTCTCTCTCTCTCGAAAAACCTATCGATTTAACTCTCAAATTAAATTAAAAATTGTTCTGCTTAATCGAAAGTTTTCATGGCGTTTTGTGACGAAGTTTCGGCCATTGAACGAATCAGAATGCATCTCTTGGGAGAATTTGAATTCGAACTCGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015473
ATGGCGTTTTGTGACGAAGTTTCGGCCATTGAACGAATCAGAATGCATCTCTTGGGAGAATTTGAATTCGAACTCGAATTCGAGAGCTCAGCCAGCAGCAGCAGCAGCTCCGAATCTGGCTCCCCCGATTCGGAGCTGTTCGCCGCCCAATACGTCTTTGATTTTGATCGGAATCAGAAGCTCGGATCGCCGCCGCCGCCGGCCAAGAGGCTCGAGTGGATCGAGTTCGGGAGCGGTAATTCGAGTGATGATGGGGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799881.1
MAFCDEVSAIERIRMHLLGEFEFELEFESSASSSSSSESGSPDSELFAAQYVFDFDRNQKLGSPPPPAKRLEWIEFGSGNSSDDGAAAVAEEQQHYRGVRRRPWGKYAAEIRDPKRRGSRVWLGTFDTAAEAARAYDRAAFRMRGSKAILNFPLEIQREREAAAAGGGGKRRREEELELRQQKMVKCETAEWEWAAPLTPLCWYLPTHTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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