当前解析结果
SmilChr01G002327| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002327 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002327 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 40413969 - 40414977 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015473 |
|---|---|
| GeneID | 131015473 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015473 |
| 原始查询 | SmilChr01G002327 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 5-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor 5-like |
| Arabidopsis | AT5G47230 (ERF5)ethylene responsive element binding factor 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834770] identity=44.8; qcov=0.924; evalue=3.98e-43; confidence=medium |
| Rice | Os04g0547600 (OsERF#094)- identity=75.3; qcov=0.386; evalue=1.25e-32; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015473 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057799881.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799881.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799881.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799881.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057799881.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:40414206 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:40414229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:40414261 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B56,B96,C23,D7 |
Chr1:40414394 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B84 |
Chr1:40414394 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr1:40414565 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B8 |
Chr1:40414654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799881.1PF00847
AP2 95-146 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799881.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 95 | 146 | 3.4e-16 | 60.0 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。