当前解析结果
SmilChr01G002330| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002330 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002330 |
| 描述 | oleosin Cor a 13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 40456293 - 40457039 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015485 |
|---|---|
| GeneID | 131015485 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015485 |
| 原始查询 | SmilChr01G002330 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | oleosin Cor a 13-like |
| 产物 | oleosin Cor a 13-like |
| Arabidopsis | AT4G25140 (OLEO1)oleosin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828617] identity=62.5; qcov=0.863; evalue=2.31e-43; confidence=medium |
| Rice | Os04g0546500 (OLE16)- identity=62.6; qcov=0.77; evalue=5.8e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0005576 (extracellular region); GO:0012511 (monolayer-surrounded lipid storage body); GO:0016020 (membrane); GO:0019915 (lipid storage); GO:0019953 (sexual reproduction) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01277 (Oleosin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015485 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057799891.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057799891.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057799891.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799891.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799891.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:40456469 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr1:40456510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,D2 |
Chr1:40456521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B8 |
Chr1:40456559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B59,C33,C62,C78 |
Chr1:40456680 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B138,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799891.1PF01277
Oleosin 17-129 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799891.1 |
Pfam | PF01277 |
Oleosin | Family | 17 | 129 | 7.2e-46 | 155.3 | Oleosin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。