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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002341`

染色体: Chr01 坐标: 40574844-40577021 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002341`
名称	SmilChr01G002341
描述	uncharacterized SmilChr01G002341
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40574844 - 40577021 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024547`
GeneID	`131024547`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024547`
原始查询	`SmilChr01G002341`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=36; qcov=0.882; evalue=9.94e-43; confidence=medium
Rice	`Os11g0577650` - identity=50.5; qcov=0.824; evalue=1.39e-69; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024547

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810048.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057810048.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057810048.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810048.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810048.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40576088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,B92
`Chr1:40576090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:40576106`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B1,B91,C20
`Chr1:40576106`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B1,B91,C20
`Chr1:40576245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:40576256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B25,B85,B97
`Chr1:40576267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C31
`Chr1:40576287`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B74,C39
`Chr1:40576287`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B74,C39
`Chr1:40576290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr1:40576328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B133,B58,B95,C27
`Chr1:40576338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C1,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810048.1

255 aa

128

255

DUF8040

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 29-115 aa PF13359 DDE_Tnp_4 146-243 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810048.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	29	115	4.6e-24	84.8	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057810048.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	146	243	5.6e-11	43.0	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954065.1
TCTCTGCCATTATTCTTTTTTCCATTTCCATTTGTGTTGTAAATTTTTTTTCCATTGGAGATATTTGTTATTCTCTAATGAAATCCCGTAAGAGAAAACGTGGCTGTGAGTCACAGCCTTACAGCTATATAGCTCGGATACCCGACCAAGTAAAGCACTTAAACCGATTAACTAATGTTAGTGATGTAGATTGTATACTCAATCTAAGGATGGACTGCAACACATTCGATCGATTATGTAACTTGTTAAAGCAACTAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024547
ATGAAATCCCGTAAGAGAAAACGTGGCTGTGAGTCACAGCCTTACAGCTATATAGCTCGGATACCCGACCAAGTAAAGCACTTAAACCGATTAACTAATGTTAGTGATGTAGATTGTATACTCAATCTAAGGATGGACTGCAACACATTCGATCGATTATGTAACTTGTTAAAGCAACTAGGTTCTTTGGATGACGGTAGATATGTAAGTGTCGAAGAACAAGTGGCGATGTTCTTGTCAATCTTAGCACATCATAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810048.1
MKSRKRKRGCESQPYSYIARIPDQVKHLNRLTNVSDVDCILNLRMDCNTFDRLCNLLKQLGSLDDGRYVSVEEQVAMFLSILAHHKKNRIVRFDFWRSGQTISHYVHTVLNAILKLHVLLLVKSQPVSEECSDSRWKWFKGCLGALDGTYISVLVPNIDKARYRTRKGQIATNMLGVCDRNMKFVYALPGWEGSTADSRVLRDAVNRRHGFRVPRGNYYLVDCGYANSKGFLAPYKGVRYHLKECGPTNSRPKKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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