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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002371`

染色体: Chr01 坐标: 40893647-40902662 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002371`
名称	SmilChr01G002371
描述	E3 ubiquitin ligase PQT3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40893647 - 40902662 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024852`
GeneID	`131024852`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024852`
原始查询	`SmilChr01G002371`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin ligase PQT3-like
产物	E3 ubiquitin ligase PQT3-like
Arabidopsis	`AT5G47430` (AT5G47430) DWNN domain, a CCHC-type zinc finger [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834790] identity=48.3; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0431000` - identity=56.9; qcov=0.736; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF08783 (DWNN); PF13696 (zf-CCHC_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024852

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810373.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810373.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810373.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810373.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057810373.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40896131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr1:40898156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr1:40898202`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr1:40898326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr1:40898557`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr1:40898596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B48,D5
`Chr1:40899137`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B99
`Chr1:40899209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A2,A9,C3,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810373.1

841 aa

420

841

DWNN

zf-CCHC_2

PF08783 DWNN 3-75 aa PF13696 zf-CCHC_2 210-230 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810373.1`	Pfam	`PF08783`	DWNN	Domain	3	75	1.3e-29	102.9	DWNN domain
`XP_057810373.1`	Pfam	`PF13696`	zf-CCHC_2	Domain	210	230	3.7e-09	36.9	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954390.1
TCAATTAAATTATTTAAAATAATTTATGGGAGCAGCCTAAAACTTTATCAGAACAGGAGTGTAGGATTTCCGCTAACGACATCGTATTCCGCCTTAACAAAACTTCCCACATACAATACTTTATCGTCTCAGCGGTATAGAGATTTGCGATTTTCATTTGCCGCATTCTTCCAGCCCTAATTCCTGACTCTCGCGGATTTCTTTGAACAAATCAATTCCGTTATCGGTTGATAGATTCCTCTCCGATAAGAAGCCGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024852
ATGGCTGTTTACTATAAATTTAAAAGTGCAAAAGATTATGATTCAGTTCCGATGGACGGCCACTTTATTTCGGTGGGACACTTGAAAGAAAAAATATTTGAATTAAAGCATTTGGGTGGTACTGATTTTGACCTCATAGTCACCAACGCCCAGACCAATGAAGAGTACCTCGATGAAGGAATGTTAATTCCCAAAAATACTTCAGTTTTAATACGCCGAGTTCCTGGAAGGCCTCGCAAGCCCATAGTTACTGCACCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810373.1
MAVYYKFKSAKDYDSVPMDGHFISVGHLKEKIFELKHLGGTDFDLIVTNAQTNEEYLDEGMLIPKNTSVLIRRVPGRPRKPIVTAPVSEQEELNVDHNSEDVQAVKGSFAVADQSYVKYGEDLEWDEFGNDLYAMPESTPVPSSIPIQDATPVSKEDEESKIKALIDTPALDWQRQPSDGFNGRGFARGGRMPGGRGGFVRGGFEKKTPPQGYICHRCKVPGHFIQHCPTNGDPNFDIRRVKPATGIPKSMLVATPDGSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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