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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002381`

染色体: Chr01 坐标: 41006914-41013148 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002381`
名称	SmilChr01G002381
描述	tyrosine--tRNA ligase 1, cytoplasmic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	41006914 - 41013148 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024944`
GeneID	`131024944`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024944`
原始查询	`SmilChr01G002381`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tyrosine--tRNA ligase 1, cytoplasmic-like
产物	tyrosine--tRNA ligase 1%2C cytoplasmic-like
Arabidopsis	`AT2G33840` (AT2G33840) Tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib, bacterial/mitochondrial [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817952] identity=77.7; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0150800` (P0443G08.126) - identity=75.6; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004831 (tyrosine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006418 (tRNA aminoacylation for protein translation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00579 (tRNA-synt_1b)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057810504.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057810504.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057810504.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057810504.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810504.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:41010020`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A14,B123,B62,B95,C14,C15,C21,C29,C61,C73,C81,C9
`Chr1:41010051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B76,B97,C38,C73
`Chr1:41010060`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B26,B4,B61
`Chr1:41010060`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B26,B4,B61
`Chr1:41010343`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B130,B42,B43,B51,B7,B98,C45,C58,C75
`Chr1:41010441`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr1:41010491`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	B129,B131,B135,B2,B24,B71,B88,C38,C43,C77,C80,D2
`Chr1:41010495`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	65	A11,A19,A2,A22,A7,B102,B118,B120,B121,B124,B126,B13,B138,B21,B22,B26,B30,B36,B37,B4,B40,B43,B45,B53,B66,B67,B68,B78,B82,B86,B94,B96,B97,B99,C1,C13,C15,C18,C21,C25,C27,C31,C35,C44,C45,C51,C52,C53,C56,C57,C58,C6,C61,C63,C67,C68,C70,C72,C75,C83,C84,C85,C87,D11,D3
`Chr1:41010497`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B29,B76,B97,C38,C73
`Chr1:41010497`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B29,B76,B97,C38,C73
`Chr1:41011590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B15,C76
`Chr1:41011837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C40,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810504.1

380 aa

190

380

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 60-354 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810504.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	60	354	1.5e-61	209.1	tRNA synthetases class I (W and Y)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954521.1
ATCCTTTTCAATATCGTTGGTCCTTTCATAATTTAGGTTTGTTATTATGAGTTAATATATGGAAAATATTCATTTTCTTATGGTAAAGATAAAAAAGTAGTACTAGTAATTAAATTTTTTGAGCTTGAGCATAAAAATGCAAAGTCGCGAATCTCCTAGGACCCCTACCATTCGGAATTTCGGCGCTCCTTTTCAATGGAGAACGAAGGAAGCAGCGGCAACAGCACTGAAGCCTCTCCATCTCAACCGCTACAGTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024944
ATGGAGAACGAAGGAAGCAGCGGCAACAGCACTGAAGCCTCTCCATCTCAACCGCTACAGTTTCTCTCCATTTCGCCTCAACCGCAGTTGAGTTTGAAGGAGAGGTTCGATTTAATAAGGAGCATCGGCGAGGAGTGCATACAGGAGGATGAATTGGAGAGATTATTGGCGAACAAGCCTCAGATTGTCTGCTATGATGGATTTGAACCATCGGGCAGAATGCATATTGCTCAGGGAGTTATGAAGGCAATTAACGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810504.1
MENEGSSGNSTEASPSQPLQFLSISPQPQLSLKERFDLIRSIGEECIQEDELERLLANKPQIVCYDGFEPSGRMHIAQGVMKAINVNKLTSAGCIVKIWIADWFAQLNNKMGGDLNKIQVIGQYLIEIWKAVGMNIQGGQVEFLWSSDEINSRAHEYWPLVMDIARRNKLPRVLRCCQIMGRSEQDELSAAQIFYPCMQCADIFFLKADICQLGMDQRKVNMLAREYCDDIKRKNKPIILSHHMLPGLQEGQEKMSKSDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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